Sebuah negara yang merdeka dan berdaulat mempunyai sistem pertahanan mandiri yang dibangun sesuai dengan kondisi negara tersebut. Indonesia merupakan negara kepulauan dan dihuni oleh bermacam suku bangsa. Sistem Pertahanan Wilayah bisa menjadi perekat perbedaan yang ada, namun juga bisa menjadikan alasan untuk memisahkan diri apabila ada ketidakadilan yang terjadi akibat pelaksanaan sebuah Sistem Pertahanan Wilayah.Tesis ini membahas persoalan Sistem Pembinaan Wilayah untuk Pertahanan, berkaitan dengan perkembangan situasi politik negara sehingga memunculkan gugatan dengan keberadaan komando teritorial TNI. Pertanyaan seputar tesis ini adalah : Bagaimanakah sistem pertahanan wilayah Indonesia? Alternatif sistem pertahanan wilayah bagaimanakah yang cocok pada masa sekarang (pasca orde baru)? dan Masih perlukah pembinaan wilayah untuk pertahanan teritorial? Adapun tujuan penlitian ini adalah: Menganalisis sistem pertahanan wilayah sebelum era reformasi, Menganalisis relevansi pembinaan wilayah terhadap sistem pertahanan teritorial, dan Membuat alternatif sistem pertahanan wilayah yang cocok dengan masa pasca orde Baru.Metode yang dipakai adalah analisis dekriptif yang melibatkan beberapa koresponden untuk diminta penilaian seputar Sistem Pertahanan Wilayah. Sebagai alat bantu untuk menganalisis data maka digunakan metode AHP yang berguna untuk mendapatkan sebuah keputusan. Tesis ini mendapatkan hasil berupa sebuah negara memerlukan Pertahanan yang mana pembinaan kewilayahan dilakukan secara proporsional sesuai dengan bidangnya. Ada tiga lembaga yang diangkat pada tesis ini yaitu PEMDA, TNI, dan Kantor Wilayah Dephan. Pertahanan yang baik akan mendukung kondisi Ketahanan Nasional sebuah bangsa untuk tetap survive menghadapi dinamika perkembangan peradaban dunia.