Untuk memperoleh gelar Magister Sains pada Program Pasca Sarjana Universitas Indonesia FISIP-UI, penulis meakkukan penelitian dengan judul tersebut di atas dengan tujuan untuk mengetahui dan membahas: Kebijakan Penataan Organisasi Perangkat Daerah Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam dan Kebijakan Daerah Dalam Pelaksanaan Syariat Islam, Penyelenggaraan Pendidikan dan Penyelenggaraan Kehidupan Adat.Penelitian ini menggunakan metode kualitatif berdasarkan analisis pada data primer dan sekunder yang dikumpulkan melalui studi kepustakaan dan wawancara mendalam (indepth interview) dengan para informan. Teknik pemilihan informan dilakukan dengan purposive sampling dan snow ball technique .Kesimpulan yang diperoleh dari pembahasan hasil penelitian ini adalah sebagai berikut: terdapat sejumlah Bagian dan Sub Bagian pada organisasi Sekretariat Daerah serta Badan dan Dinas Daerah yang perlu ditiadakan, digabung dan atau disesuaikan. Peniadaan, penggabungan dan atau penyesuaian pada struktur perangkat daerah tersebut merupakan alternatif untuk membangun suatu struktur organisasi perangkat daerah yang ramping, efektif dan mengurangi proses birokrasi yang tumpang tindih, berbelit-belit dan tidak efisien. Oleh sebab itu diperlukan penataan ulang atas struktur organisasi perangkat daerah Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam.Terdapat kontradiksi kebijakan perundang-undangan yang menyebabkan penyelenggaraan otonomi daerah di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam mengandung sejumlah masalah, kendala dan konsekuensi yang perlu disikapi secara cermat dan bijaksana.Dalam dimensi kontradiksi kebijakan perundang-undangan tersebut, penyelenggaraan keistimewaan Aceh menjadi kurang efektif dan cenderung melahirkan dualisme, karena pengorganisasian dan manajemen pemerintahan Daerah Kabupaten/Kota masih berpedoman pada Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999; sedangkan pengorganisasian dan manajemen pemerintahan Daerah Provinsi yang berpedoman pada Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2001.Diperlukan suatu Konsep Jalan Tengah yang dapat mengintegrasikan dan tetap mengefektifkan pelaksanaan Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2001 dan pelaksanaan Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999. Konsep Jalan Tengah dimaksud ditetapkan dengan Qanun yang disusun secara bersama-sama oleh perwakilan pemerintahan Provinsi dan perwakilan dari seluruh Pemerintahan Kabupaten/Kota di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam. Implementasi Konsep Jalan Tengah tersebut meliputi pelaksanaan otonomi khusus oleh Pemerintah Daerah Provinsi yang meliputi pelaksanaan syariat Islam, penyelenggaraan pendidikan yang berbasis Islam dan penyelenggaraan kehidupan adat yang bernafaskan Islam. Dengan demikian penyelenggaraan keistimewaan Aceh dapat dipandang sebagai faktor perekat dan penguat integritas masyarakat Aceh, tanpa harus terjebak pada permasalahan kontradiksi kebijakan perundang-undangan.Penyusunan Qanun tersebut di atas perlu didasarkan pada kejelasan dan pengaturan hal-hal sebagai berikut: urusan dan kewenangan yang diintegrasikan; struktur kelembagaan perangkat daerah untuk pelaksanaan urusan tersebut; status kepegawaian pada struktur kelembagaan tersebut; pola pembiayaan untuk melaksanakan urusan tersebut; adanya komisi-komisi khusus pada lembaga legislatif yang membidangi keistimewaan Aceh sebagai mitra kerja lembaga-lembaga perangkat daerah tersebut; adanya kejelasan mengenai tugas pokok dan fungsi pada setiap tingkatan lembaga yang menjamin terlaksananya manajemen pelayanan publik yang efektif, efisien dan akuntabel; pelaksanaan fungsi pengawasan, monitoring dan evaluasi atas pelaksanaan urusan tersebut.Pelaksanaan syariat Islam di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam yang meliputi berbagai aspek kehidupan Islam secara kaffah melibatkan seluruh potensi dan partisipasi seluruh pihak, baik pemerintah maupun masyarakat, serta menuntut toleransi pihak pihak non muslim, baik yang berdomisili dan atau yang datang dari luar Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam. Toleransi ini penting sekali karena terdapat sejumlah konsekuensi sosial psikologis yang harus diperhatikan oleh semua pihak.Penyelenggaraan Pendidikan yang dilaksanakan di Aceh secara umum sudah mewakili prinsip-prinsip pelaksanaan syariat Islam. Hal ini dapat dilihat dari sistem pendidikan dengan pendidikan berjenjang yang menggunakan pengajaran, kurikulum dan aturan-aturan Islam sebagai dasar bagi pelaksanaan pendidikan.Penyelenggaraan kehidupan adat di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam dilaksanakan dengan berpedoman pads Syariat Islam. Dalam pelaksanaan kehidupan adat, lembaga-lembaga adat tetap dipertahankan, dimanfaatkan, diberdayakan dan dipelihara. Peran pimpinan daerah sebagai Pemangku dan Pembina adat dan dalam melaksanakan kegiatannya dibantu oleh Lembaga Adat dan Kebudayaan Aceh.