Adanya perubahan struktur organisasi di Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Ditjen Dikti) berdasarkan Kepmendikbud No. 010/0/2000 yang telah memberi perubahan suasana dinamis adalah merupakan awal ketertarikan penulis memilih tema penelitian dengan tujuan memberi gambaran tentang kinerja Ditjen Dikti sebagai organisasi pemerintah yang memberi pelayanan masyarakat khususnya yang berhubungan dengan pendidikan tinggi di Indonesia.Obyek penelitian dibedakan menjadi dua yaitu internal dan eksternal. Internal adalah karyawan Ditjen Dikti (eselon dan non eselon) sejumlah 125 responder. Eksternal adalah sivitas akademika dari 4 kota, yaitu : Jakarta, Yogyakarta, Malang dan Padang yang dianggap dapat mewakili seluruh Indonesia sejumlah 100 responder. Jenis penelitian adalah non eksperimental dengan rancangan potong silang menggunakan metode kualitatif dan kuantitatif.Mengukur kineraja organisasi dengan Balanced Scorecard memaksa organisasi harus melibatkan karyawan dari setiap tingkatan untuk memahami dan mengerti visi dan misi organisasi sesuai kapasitas masing-masing karyawan.Balanced Scorecard mensyaratkan empat pilar (Kaplan & Norton,1996) antara lain dalam hal ini:1. Perspektif finansial, adalah merupakan given dari pemerintah karena itu yang dilihat adalah bagaimana rencana dan operasional dapat berjalan sesuai dan memperkecil pemborosan.2. Masyarakat pelanggan/mitra Ditjen Dikti dengan indikator adanya peningkatan keterlibatan, kepuasan pelanggan meningkat dan masalah waktu tunggu yang singkat.3. Proses internal organisasi dengan indikator kemampuan memperbaiki daur waktu kerja, mernperhatikan prosedur kerja, dan memperpendek jalur birokrasi.4. Pembelajaran dan pertumbuhan organisasi dengan indikator pengukuran kepuasan kerja, komitmen, dan peningkatan keterampilan karyawan.Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa kepuasan pelanggan Ditjen Dikti ternyata baik. Kepuasan kerja tangible ternyata sedang dan kepuasan kerja intangible umumnya rendah. Sebagian besar karyawan tidak memahami visi dan misi Ditjen Dikti tetapi mereka tetap bekerja sebaik mungkin. Dengan menerapkan Balanced Scorecard memaksa organisasi menjaga keseimbangan antara perspektif pertumbuhan dan pembelajaran organisasi, proses internal organisasi, efisiensi keuangan yang telah dialokasikan, kesesuaian antara rencana-rencana dan operasional dan perspektif kepuasan pelanggan/konsumen tercapai dengan adanya keterlibatan masyarakat untuk kemajuan dunia pendidikan.