Penyidikan tindak pidana merek sangat khas apabila dibandingkan dengan tindak pidana lainnya, karena Undang-undang No.15 tahun 2001 tentang Merek menganut sistem delik aduan.Tindak pidana merek seringkali terjadi karena harga barang dengan merek terkenal sangat mahal, pelaku tindak pidana merek dapat meraih keuntungan dengan mudah, tidak peril] ijin serta tidak perlu mengeluarkan biaya promosi. Tindak pidana merek menimbulkan banyak kerugian kepada pemegang hak atas merek yang sah, masyarakat selaku konsumen dan negara dari sektor pajak. Penyidik dari Satuan Indag Polda Metro Jaya dalam menangani tindak pidana merek masih terbatas pada perbuatan-perbuatan tanpa hak atas merek sesuai dengan UU No. 15 tahun 2001 penggunaan merek yang sama pada keseluruhannya dan sama pada pokoknya dengan milik orang lain yang sudah terdaftar untuk barang atau jasa sejenis serta memperdagangkan barang atau jasa yang diketahui atau patut diketahui bahwa barang dan atau jasa tersebut merupakan hasil dari suatu kejahatan. Perbuatan tindak pidana merek mengenai indikasi geografis maupun indikasi asal sampai saat ini belum ditemukan oleh penyidik Satuan Indag Polda Metro Jaya. Namun demikian bersamaan dengan terjadinya tindak pidana merek tersebut seringkali juga ditemukan pelanggaran terhadap UU. Perlindungan Konsumen dan Undang-undang lainnya.Penyidikan tindak pidana merek dipengaruhi oleh faktor hukumnya; faktor penegak hukum; faktor dana, sarana atau fasilitas; faktor masyarakat ; dan faktor kebudayaan. Penyimpangan yang terjadi dalam proses penyidikan oleh penyidik antara lain berbentuk meminta bantuan dana penyidikan; uang jaminan penyidikan; penggelapan barang bukti; meringankan sangkaan; menunda pengiriman SPDP; diskriminasi penyidikan; setoran bulanan; intervensi kasus.Pengorganisasian penyidikan sudah dilaksanakan, namun pada tahap perencanaan dan tahap pengawasan belum dilaksanakan dengan baik.