Hubungan Indonesia-Mesir sudah terjalin sejak sebelum proklamasi kemerdekaan Republik Indonesia (RI) dengan adanya mahasiswa Indonesia yang belajar di Universitas A1-Azhar, Kairo. Dalam Perang Dunia II, hubungan tersebut bertambah kuat karena kedua bangsa sama berjuang untuk lepas dari kolonialisme dan imperialisme Barat di negara masing-masing, Inggris di Mesir dan Belanda di Indonesia.Pada tahun 1947, bangsa Indonesia sedang gencar-gencarnya mencari pengakuan internasional yang mendapat tantangan berat dari Belanda dan Sekutunya di negara-negara Arab. Akan tetapi, dengan solidaritas yang tinggi Mesir mendukung perjuangan dan mengakui kemerdekaan RI de facto dan de jure. Dukungan Mesir tidak hanya pada pengakuan kedaulatan, tetapi Mesir lebih jauh mengirimkan diplomat dan sebuah tim kesehatan yang dikirim ke Indonesia.Diplomasi yang dijalankan oleh misi diplomatik RI pada tahun 1947-1948 untuk mencari pengakuan internasional mendapat tantangan yang berat dari Belanda dan Sekutunya di negara-negara Arab. Akan tetapi, dengan solidaritas yang tinggi Pemerintah dan rakyat Mesir mendukung perjuangan dan mengakui kemerdekaan RI de facto dan de jure.Diplomasi yang dijalankan adalah dalam usaha mempertahankan eksistensi kedaulatan RI yang hendak direbut kembali oleh Belanda. Sementara itu, perjuangan di bidang militer terus dilakukan untuk mengusir Belanda dan Sekutunya dari tanah air Indonesia.Pengakuan kemerdekaan dan perjanjian persahabatan Indonesia-Mesir tahun 1947 merupakan kemenangan diplomasi RI pertama di luar negeri yang dapat mematahkan diplomasi Belanda untuk mencegah pengakuan internasional terhadap RI. Kemenangan ini tidak terlepas dari dukungan Mesir yang berhasil menggalang seluruh negara Arab untuk mengakui kemerdekaan dan kedaulatan RI melalui Liga Arab. Selain itu, kemenangan tersebut didukung oleh mahasiswa Indonesia di Mesir yang melakukan aktifitas politik dalam rangka mencari simpati dan dukungan internasional bagi kemerdekaan RI.Hubungan Indonesia-Mesir sampai sekarang didasarkan atas hubungan agama Islam yang sangat erat dan latar belakang sejarah kolonialisme dan imperialisme yang dialami oleh kedua negara.