Wawasan Nusantara pada awalnya merupakan konsep hukum laut tentang wilayah perairan negara Republik Indonesia yang pada intinya menetapkan keutuhan wilayah territorial sebagai satu kesatuan yang tidak terpisahkan antara pulau-pulau dan perairan di wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia.Dalam perkembangan politik ketatanegaraan konsep Wawasan Nusantara berkembang secara luas sebagai nilai doktrin dan dijadikan Wawasan Nasional sebagai cara pandang bangsa Indonesia mengenal diri dan lingkungannya dengan mengutamakan persatuan dan kesatuan dalam berbagai aspek penyelenggaraan kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara guna memenuhi kesejahteraan dan keamanannya.Secara Yuridis dan Ketatanegaraan Wawasan Nusantara telah ditetapkan dalam Ketetapan Majelis Permusyawaratan Rakyat dalam Garis-Garis Besar Haluan Negara (GBHN) sejak tahun 1973 dan berlanjut pada GBHN 1998, ditegaskan bahwa Wawasan Nusantara sebagai wawasan dalam pencapaian, tujuan pembangunan nasional mencakup : perwujudan kepulauan nusantara sebagai satu kesatuan politik, satu kesatuan sosial budaya, satu kesatuan ekonomi dan satu kesatuan pertahanan keamanan.Oleh karena itu, Wawasan Nusantara perlu diimplementasi dalam sistem pemerintahan dengan memperhatikan aspirasi dan perkembangan politik, paradigma desentralisasi, demokratisasi serta keadilan sosial yang menjadi tuntutan rakyat diberbagai bidang kehidupan, termasuk dalam mewujudkan sistem pemerintahan yang desentralisasi dengan otonomi yang luas dan nyata kepada daerah.Selama kurun waktu diberlakukannya Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1974 tentang Pokok-pokok Pemerintahan di daerah pelaksanaan Otonomi Daerah tidak berjalan seperti yang diharapkan di daerah dan lebih bersifat sentralistik daripada desentralisasi, serta membatasi demokratisasi di daerah karena kuatnya pengaruh (dominasi) pusat terhadap daerah sehingga menimbulkan ketergantungan daerah terhadap pusat dan terjadi hubungan pemerintah yang tidak kondusif terutama dalam perimbangan keuangan pusat dan daerah secara proporsional dan adil.Untuk mendorong daerah lebih mampu dan mandiri sebenarnya telah diambil kebijakan dengan penetapan model percontohan otonomi daerah yang semula diharapkan mempunyai "Spin of Effects" yang dapat dikembangkan keberhasilannya sesuai dengan kondisi dan karakteristik alamiah dan sosial daerah. Namun kebijakan pemerintah ini tidak berjalan dengan baik karena tidak didukung "Political Will" dan komitmen yang kuat dan Pemerintah Pusat.Dengan lahirnya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah, maka terjadi arus balik pemerintahan sesuai era desentralisasi, maka Pemerintah Pusat, Pemerintah Propinsi dan Pemerintah Daerah Kota I Kabupaten harus melakukan Reformasi dibidang kelembagaan dengan melakukan Restrukturisasi, Reorganisasi dan Refungsionalisasi Pemerintahan Daerah.Dalam penelitian ini akan diteliti persoalan implementasi Wawasan Nusantara dalam pelaksanaan otonomi derah terutama mengenai pembangunan lembaga pemerintah daerah Kabupaten Banyumas pada waktu berlakunya Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1974 dan Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 hubungan pusat dan daerah serta penerapan Wawasan Nusantara dalam pembangunan lembaga di era Reformasi dengan pendekatan yang komprehensip atau pendekatan Ketahanan Nasional (Asta Gatra) dengan mengkaji aspek-aspek alamiah dan sosial serta lingkungan Strategi yang mempengaruhi pelaksanaan otonomi daerah.Metode penelitian dalam penulisan tesis ini adalah metode kualitatif dengan melakukan wawancara dengan pejabat ditingkat pusat, provinsi dan Kabupaten Banyumas yang sangat berkompeten dengan pengambilan kebijakan dalam pembangunan lembaga, pengamatan di lapangan (observasi) dengan didukung Study Kepustakaan dan peraturan perundangan.Hasil penelitian memperlihatkan bahwa meskipun Wawasan Nusantara telah dijadikan Wawasan Nasional sebagai Wawasan dalam pencapaian tujuan pembangunan sebagai satu kesatuan politik, satu kesatuan ekonomi, satu kesatuan sosial budaya dan satu kesatuan pertahanan keamanan belum sepenuhnya diimplementasikan dalam kebijakan pemerintahan daerah terutama dalam pembangunan lembaga yang harus memberikan peluang, dorongan, kreativitas dan partisipasi masyarakat di Kabupaten, meskipun secara Implicit penerapan Wawasan Nusantara telah sebagian dilaksanakan dengan mengedepankan wacana kesatuan dan persatuan dalam pengambilan keputusan atau penerapan kebijakan pemerintah.Dengan analisis atau pendekatan aspek alamiah (Tri Gatra) dan aspek sosial (Panca Gatra) memperlihatkan bahwa pelaksanaan otonomi daerah pada Kabupaten sangat strategic dalam melaksanakan pemerintahan dan pembangunan menuju penguatan kondisi Kabupaten Banyumas.Dengan diberlakukannya Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 pelaksanaan otonomi daerah Kabupaten merupakan Reformasi dan pemberdayaan kelembagaan (organisasi) pemerintah daerah sebagai alat dan wadah untuk menggerakkan pemerintahan dan partisipasi masyarakat dalam pembangunan untuk mewujudkan demokratisasi dan keadilan sesuai aspirasi masyarakat daerah. Dilain pihak dengan pelaksanaan otonomi daerah secara luas dan nyata dengan pemberian kewenanganlurusan kepada Kabupaten Banyumas membawa implikasi terhadap meningkatnya beban tugas dan tanggungjawab, pembiayaan (anggaran) dalam rangka pemberian pelayanan dan tuntutan kebutuhan masyarakat yang semakin besar.Selanjutnya untuk mencapai keberhasilan pelaksanaan otonomi daerah Kabupaten diperiukan persamaan persepsi dari aparatur pemerintah pusat dan daerah dengan dilandasi komitmen dan kemauan politik yang kuat (Political Will) sekaligus, mengantisipasi dan merespon tuntutan dan dinamika pembangunan dan aspirasi rakyat yang terus berkembang.Wawasan nusantara sebagai dokrin, nilai dan pedoman dalam implementasi sistem pemerintahan dan otonomi daerah sebagai sub sistemnya hendaknya selalu diaktualisasikan sesuai dengan dinamika dan peradigma dengan memperhatikan kondisi lingkungan dan karakteristik bangsa Indonesia yang bersifat majemuk dengan mengakui Kebhineka Tunggal Ikaan bangsa Indonesia tidak bersifat seragam (Uniform) tetapi mengedepankan kesatuan (unity), untuk mencapai tujuan kesejallteraan dan keamanan yang pada gilirannya memperkuat ketahanan daerah, regional dan nasional dalam Ikatan Negara Kesatuan Republik Indonesia.