Bila dibandingkan dengan masa Orde Baru, penyelenggaraan pemerintahan pasca Orde Baru relatif berjalan secara reformis dan demokratis. Pada masa Orde Baru, yaitu pemerintahan Presiden Soeharto, meskipun pada awalnya menunjukkan adanya praktik pemerintahan yang demokratis konstitusional, namun segera dalam waktu berikutnya Orde Baru menampilkan struktur dan praktik politik yang otoriter. Pemerintahan Orde Baru dibangun dan diselenggarakan dengan watak pemerintahan bersifat dominan, intervensionis, dan hegemonik. Seluruh sistem Orde Baru, dalam kenyataannya, kemudian menjadi sistem Soeharto.Dalam hubungan antara lembaga Kepresidenan dan lembaga DPR, maka dalam format politik otoritarian Orde Baru, lembaga Kepresidenan mengatasi dan mendominasi lembaga DPR. Kontrol dan intervensi lembaga Kepresidenan atas lembaga DPR paling penting ialah dengan adanya kekuasaan lembaga Kepresidenan yang mengangkat keanggotaan DPR selama masa Orde Baru, selain keanggotaan DPR/MPR yang dipilih dalam Pemilihan Umum.Berbeda dengan masa pemerintahan Presiden Soeharto pada masa Orde Baru, pemerintahan pasca Orde Baru utamanya pada masa pemerintahan hasil Pemilu 1999, yaitu pemerintahan Presiden K.H. Abdurrahman Wahid sebaliknya kontrol lembaga DPR atas lembaga Kepresidenan sangat kuat. Pada masa ini hampir setiap kebijakan pemerintahan Presiden Wahid selalu mendapat kontrol dari DPR. DPR secara aktif meminta keterangen dan/ atau mengadakan penyelidikan atas kebijakan yang diambil Presiden Wahid.Hasil penelitian deskriptif-analisis yang menggunakan studi kasus dengan menggunakan analisis kualitatif dan induktif; dan memakai teknik pengumpulan data wawancara mendalam, diskusi dan studi dokumentasi (kepustakaan) menjelaskan bahwa dilihat dari konstitusi, kekuasaan lembaga Kepresidenan dan lembaga DPR RI pada masa pemerintahan Presiden K.K. Abdurrahman Wahid pasca Orde Baru mengalami pergeseran bila secara komparatif dibandingkan dengan masa sebelumnya, terutama pada masa pemerintahan Presiden Soeharto di masa Orde Baru. Pada masa pemerintahan Presiden Wahid telah terjadi perpindahan titik pendulum kekuasaan ke arah dominasi lembaga DPR RI.Demikian dilihat dari praktik penyelenggaraan pemerintahan, kekuasaan lembaga DPP RI hasil Pemilu 1999 pada masa pemerintahan Presiden Wahid lebih kuat mengatasi kekuasaan lembaga Kepresidenan. Selama kurun pemerintahannya, sebagaimana diteliti penulis dengan melihat kebijakan yang diambil Wahid, yaitu likuidasi Depsos dan Deppen; pemberhentian Kapolri Jenderal Polisi Roesdihardjo; usaha pemberhentian Gubemur Bank Indonesia Syahril Sabirin; pemberhentian Menperindag Jusuf Kalla dan Menneg BUMN Laksamana Sukardi; pencalonan Ketua MA; kasus Buloggate dan Bruneigate; dan pelantikan Wakapolri Jenderal Chaeruddin Ismail sebagai Pemangku Kapolri, lembaga DPR secara aktif dan kuat mengontrol lembaga Kepresidenan (Presiden Wahid) melalui hak interpelasi, hak mengadakan penyelidikan melalui pembentukan panitia khusus (Pansus) dan memorandum DPR.Lalu, mengapa terjadi pergeseran kekuasaan serta faktor-faktor apa yang menyebabkan terjadinya pergeseran kekuasaan dari lembaga Kepresidenan ke lembaga DPR pada masa pemerintahan Presiden K.H. Abdurrahman Wahid? Penelitian ini menyimpulkan bahwa adanya pergeseran kekuasaan pada masa pemerintahan Presiden Wahid, yaitu berpindahnya ,titik pendulum kekuasaan dari lembaga Kepresidenan ke lembaga DPR, disebabkan oleh tiga faktor: 1). Perubahan Pertama dan Perubahan Kedua UUD 1945. Kekuasaan yang dimiliki lembaga Kepresidenan yakni kekuasaan di bidang eksekutif atau penyelenggaraan pemerintahan, kekuasaan di bidang legislatif atau perundang-undangan, kekuasaan di bidang yustisial, dan kekuasaan di bidang hubungan luar negeri, seiring dengan ada dan berlakunya Perubahan Pertama dan Perubahan Kedua UUD 1945 itu menjadi berkurang. Pada saat yang sama, kekuasaan lembaga DPR menjadi lebih terinci tegas, 2). Konfigurasi Politik di Kabinet Persatuan Nasional. Pada awalnya, konfigurasi politik Kabinet Persatuan Nasicnal secara kuat mendukung pemerintahan Presiden Wahid. Dengan adanya reshuffle kabinet ini, konfigurasi politik kabinet pemerintahan Presiden Wahid menjadi melemah dan kemudian meninggalkan dukungan kepada keberlangsungan pemerintahan yang dipimpinnya, sebagai akibat kekecewaan dari aliansi kekuatan politik dari partai-partai politik dan TNI/Polri atas digantinya menteri-menteri yang berasal dari aliansi kekuatan politik itu oleh Wahid; dan 3). Konfigurasi Politik di DPR RI Hasil Pemilu 1999. Seiring dengan kekecewaan dari aliansi kekuatan politik dari partai-partai politik dan TNI/Polri sebagai akibat pergantian kabinet ditambah dengan adanya kasus Buloggate dan Bruneigate yang mengindikasikan (patut diduga) keterlibatan Presiden Wahid, membuat Wahid pada akhirnya kehilangan dukungan di DPR. Di DPR, Wahid hanya bertumpu pada adanya dukungan kecil dari PKB di DPR (10,2 %) ditopang NDKB (1,0 %).