Pertumbuhan yang cepat advance technology telah mendorong perubahan strategi perusahaan dalam menjalankan bisnis dari cara-cara yang bersifat konvensional menjadi secara elektronik atau dikenal dengan nama e-commerce Volume transaksi elektronik tersebut di dunia cukup besar, dan di Indonesia walaupun transaksi tersebut baru dikenal dan volume transaksinya masih relatif kecil, akan tetapi pertumbuhannya menunjukkan tingkat yang cukup tinggi.Kondisi ini telah menciptakan beberapa kemungkinan antara lain; adanya situasi bahwa pemerintah telah kehilangan potensi penerimaan pajak (tax windfalls), kemungkinan terjadinya pemajakan berganda (double taxation), atau terjadinya kompetisi yang tidak fair antara transaksi yang dilakukan secara konvensional dan transaksi yang dilakukan secara elektronik. Bagi Indonesia fenomena ini membawa implikasi pertama, berupa peluang adanya potensi penerimaan pajak yang cukup besar, dan kedua, tantangan bagi Direktorat Jenderal Pajak untuk membuat design ketentuan perpajakan atas transaksi ecommerce dengan tetap mengacu kepada prinsip-prinsip pemungutan pajak yang adil (fairness), netral (neutrality), efisien (efrciency) dan memberikan kepastian hukum (certainty).Hasil analisis dengan melakukan pendekatan; pertama, terhadap ketentuan-ketentuan perpajakan atas transaksi e-commerce sesuai rekomendasi Negara-negara Organization for Economic Cooperation and Development (OECD), dan kedua, mempelajari praktek pemajakan atas transaksi e-commerce pada beberapa negara, serta ketiga, menelaah ketentuan-ketentuan Undang-undang PPN Tahun 2000 beserta peraturan pelaksanaannya didapatkan kesimpulan bahwa ketentuan-ketentuan yang ada dalam UU PPN beserta peraturan pelaksanaannya sudah dapat diterapkan terhadap transaksi e-commerce, walaupun ada beberapa rumusan yang tidak secara jelas dan tegas diatur, sehingga dihawatirkan akan menimbulkan kondisi ketidak pastian (certainty) terhadap Wajib Pajak.Dari kesimpulan di atas maka disarankan agar dilakukan penyempurnaan terhadap UU PPN Tahun 2000 beserta aturan pelaksanaannya, yaitu beberapa ketentuan perlu dirumuskan secara jelas dan tegas, antara lain pengertian mengenai jenis-jenis barang dan jasa dalam berbagai bentuknya, perlakuan PPN atas ekspor barang kena pajak tidak berwujud dan penyerahan jasa kena pajak keluar daerah pabean. Disamping itu DP sebagai otoritas pajak juga harus mengembangkan teknologi untuk memperluas aspek-aspek pelayanan dalam upaya menurunkan biaya kepatuhan Wajib Pajak, serta sistem pemungutan PPN dalam upaya menjamin efektifitas pemungutan pajak atas transaksi e-commerce.