Desentralisasi bertujuan memberi peluang dan kesempatan yang lebih besar kepada daerah menuju otonomi daerah yang mandiri dan bertanggung jawab dalam rangka memberi pelayanan dan perlindungan yang lebih baik kepada masyarakat serta pemberdayaan (empowering) masyarakat.Dalam upaya pelaksanaan desentralisasi, telah diberlakukan Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 tentang Pemerintah Daerah dan Undang-Undang Nomor 25 Tahun 1999 tentang perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah yang ditindak lanjuti dengan Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tabun 2000 tentang Kewenangaan Pemerintah dan kewenangan propinsi sebagai daerah otonom. Dalam peraturan tersebut kewenangan pemerintah pusat lebih kepada penetapan kebijakan yang bersifat norma, standard, kriteria dan prosedur, sedangkan kewenangan pelaksanaan hanya terbatas pada kewenangan yang bertujuan antara lain untuk mempertahankan dan memelihara identitas dan integritas bangsa dan negara serta menjamin kualitas pelayanan umum yang berskala nasional.Untuk mengetahui seberapa besar berubahan yang telah dilakukan oleh Departemen Kesehatan dalam mendukung pelaksanaan otonomi daerah, dilakukan suatu evaluasi yang membandingkan program-program Departemen Kesehatan pada masa sebelum berlakunya Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tabun 2000 dan masa diberlakukannya peraturan tersebut sehingga dapat terjawab pertanyaan-pertanyaan berikut; Seberapa jauh perbedaan anggaran kesehatan sebelum dan saat berlakunya Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000? Bagaimanakah proporsi anggaran pada masing-masing program sebelum dan setelah berlakunya Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000? Seberapa besar perubahan anggaran sebelum dan setelah berlakunya Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 untuk setiap program? Bagaimanakah implikasi kebijakan publik yang sebaiknya diambil oleh Departemen Kesehatan?Untuk menganalisis permasalahannya digunakan metode pengukuran efisiensi anggaran belanja Departemen Kesehatan, dengan melihat proporsi anggaran belanja rutin dan belanja pembangunan yang dilakukan terhadap data tahun 1997/1998 - 2000 sebagai masa pra desentralisasi dan tahun 2001- 2002 sebagai era desentralisasi. Analisa statistik dilakukan dengan bantuan program Exel-for window untuk menggambarkan proporsi masing-masing variable.Hasil analisis menunjukkan bahwa: (1) tidak ada perbedaan anggaran kesehatan yang mencolok pada masa pra dan pasta desentralisasi; (2) meningkatnya pengeluaran pemerintah tidak selalu diikuti dengan meningkatnya anggaran kesehatan; (3) porsi anggaran belanja rutin Departemen Kesehatan selalu lebih besar dari anggaran pembangunan; (4) Belanja Pegawai selalu memiliki porsi terbesar dari anggaran belanja rutin baik pada masa pra desentralisasi maupun era desentralisasi. Walaupun ada perubahan pengelompokan program kesehatan pada masa desentralisasi, dan telah adanya paradigma sehat yang lebih mengutamakan kegiatan promotif dan preventif namun dari analisis kegiatan menunjukkan bahwa program pelayanan kesehatan tetap menduduki prioritas pertama baik pada masa pra desentralisasi maupun era desentralisasi hanya terjadi sedikit pergeseran proporsi pada program kesehatan lainnya. Selain itu masih banyak kegiatan yang berdasar peraturan pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 tidak lagi menjadi kewenangan pemerintah pusat, masih dilaksanakan oleh Departemen Kesehatan, dan hanya ada sedikit pergeseran proporsi dari program.Kesimpulan dari analisis ini adalah pelaksanaan desentralisasi belum sepenuhnya dilaksanakan di Departemen Kesehatan, terbukti dengan masih banyaknya kewenangan daerah yang masih dilakukan oleh pemerintah pusat dan masih sedikitnya produk kebijakan/pedoman/standard yang mendorong pelaksanaan desentralisasi di daerah dimana justru hal tersebut yang sangat dibutuhkan oleh daerah.Saran yang disampaikan adalah agar Departemen Kesehatan melakukan pengkajian tentang program-program/kegiatan-kegiatan yang menjadi kewenangan pusat, propinsi dan Kabupaten/Kota dan melakukan prioritas program yang mendukung pembangunan kesehatan secara makro sesuai dengan kewenangan yang dimiliki.Kepustakaan : 40 (1986 - 2001).