Konsep pembangunan adalah untuk memperbaiki kehidupan mayoritas manusia, melalui program-program pengurangan kemiskinan, pelestarian lingkungan hidup, pembangunan kesehatan dan pembangunan masyarakat berbasis komunitas. Dengan demikian hanya rakyat sendiri yang dapat menentukan apa sebenarnya yang mereka anggap sebagai perbaikan dalam kualitas hidup mereka.Jadi, partisipasi Lembaga Masyarakat Adat (LMA) sebagai wadah pemusyawaran dan Partisipasi Masyarakat Adat asli orang Papua dalam pembangunan di Kota Jayapura adalah sesuatu hal yang perlu dan penting, bukan hal yang mengada-ngada dan dibuat-buat. Oleh karena itu, pokok permasalahan dalam tesis ini adalah Bagaimanakah partisipasi Lembaga Masyarakat Adat (LMA) dalam pembangunan di Kota Jayapura?Untuk memudahkan penyusunan instrumen dan analisisnya, maka pokok permasalahan tersebut lebih difokuskan kepada tiga pertanyaan yaitu:a. Bagaimana proses partisipasi lembaga masyarakat adat dalam perencanaan program pembangunan?b. Bagaimana partisipasi lembaga masyarakat adat dalam pelaksanaan program pembangunan ?,c. Bagaimana partisipasi lembaga masyarakat adat dalam mengevaluasi program pembangunan?Untuk menjawab ketiga pertanyaan tersebut, telah dilakukan penelitian dengan menggunakan metode deskriptif, yang menghasilkan data kualitatif melalui kajian literatur dan dokumen, dan penelitian lapangan yang dilakukan kepada informan yang terdiri dari unsur pemerintah, anggota DPRD Kota Jayapura, pengurus dan anggota Lembaga Masyarakat Adat (LMA) di empat Distrik Kota Jayapura, melalui observasi dan wawancara mendalam.Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa :1. Lembaga Masyarakat Adat yang ada di empat Distrik Kota Jayapura telah dilibatkan atau ikut serta dalam pembuatan keputusan program pembangunan Kota Jayapura. Hal itu ditandai dengan tersusunnya atau ditetapkannya Rencana Strategis Pembangunan Kota Jayapura Tahun 2001-2005. Nainun, untuk lebih mengoptimalkan partisipasi eksistensi LMA Kota Jayapura, Pemda Kota Jayapura dalam mengidentifikasi permasalahan yang ada dalam masyarakat yang berkaitan dengan nilai-nilai tradisional agar diintegrasikan dalam agenda perencanaan program pembangunan, perlu mensosialisasikan dan membina LMA, yang tujuannya untuk membangun semangat kebersamaan dan intelektual pengurus dari LMA dimaksud.2. Masyarakat Adat asli orang Papua yang tersebar di empat wilayah Distrik yang ada di Kota Jayapura, sudah menikmati hasil atau manfaat dari program atau prioritas pembangunan Kota Jayapura. Namur karena heterogenitas penduduk Kota Jayapura, sehingga program pembangunan belum mengakomodir semua kebutuhan atau kepentingan masyarakat adat asli orang Papua di Jayapura. Partisipasi dan keterlibatan masyarakat adat asli orang Papua berupa ide, pendapat dan saran-saran dapat lebih optimal sebagai masukan yang bermanfaat dalam penyusunan arah kebijakan umum APBD Kota Jayapura, apabila Pemda Kota Jayapura melakukan sosiolisasi dan pembinaan terhadap LMA Kota Jayapura.3. Lembaga Masyarakat Adat yang ada di Kota Jayapura telah diikutsertakan untuk mengevaluasi pelaksanaan strategi atau program pembangunan Kota Jayapura. Peran LMA dimaksud dapat lebih optimal apabila Pemda Kota Jayapura melaksanakan sosialisasi dan Pembinaan atas Tugas LMA, terutama dalam mengetahui:a. masalah-masalah yang timbul,b. apakah proyek sebagai penjabaran dari kegiatan/program dapat berjalan sesuai jadwal,c. apakah proyek sebagai penjabaran dari kegiatan/program menghasilkan output sesuai kebutuhan masyarakat adat asli orang Papua sebagaimana telah direncanakan,d. apakah strategi dan anggaran berjalan sesuai dengan rencana serta sasaran (target group) yang ditangani dapat di realisasikan.