Sistem self assessment yang dianut sistem perpajakan Indonesia memberikan kebebasan bagi Wajib Pajak untuk melaksanakan pemenuhan kewajiban perpajakannya secara mandiri. Sedangkan fiskus hanya merupakan pengawas yang harus memastikan bahwa setiap Wajib Pajak telah melaksanakan kewajiban perpajakannya dan mendapatkan haknya sesuai dengan Undang-undang dan ketentuan lainnya yang berlaku.Oleh karena itu perlu dilakukan pengujian apakah Wajib Pajak telah memenuhi kewajibannya secara berkala atau dengan pengecualian jika diperkirakan telah terjadi penyimpangan. Pengujian kepatuhan yang dimaksud adalah pemeriksaan pajak. Analisis tentang pelaksanaan pemeriksaan pajak yang dilakukan oleh Direktorat Pemeriksaan, Penyidikan dan Penagihan Pajak Direktorat Jenderal Pajak ini menggunakan teori dan peraturan pelaksanaannya sebagai bahan perbandingan.Hasil Pemeriksaan Pajak setidaknya dapat digolongkan menjadi dua, yaitu berupa penerbitan SKP dan ditemukan adanya indikasi telah terjadi tindak pidana di bidang perpajakan. Apabila terdapat indikasi tindak pidana perpajakan, maka pemeriksaan dilanjutkan pada Pemeriksaan Bukti Permulaan sebelum dilakukan penyidikan. Hal inilah yang menjadi masalah. Karena dalam kerangka kerjanya DTP mengelompokkan Pemeriksaan Bukti Permulaan dalam kegiatan Penyidikan sedangkan hasilnya masih dapat berupa penetapan pajak (diterbitkan SKP).Tujuan yang ingin dicapai dalam penelitian ini adalah memberikan gambaran pelaksanaan pemeriksaan bukti permulaan pada Direktorat Pemeriksaan, Penyidikan dan Penagihan Pajak, untuk menganalisis faktor-faktor apa saga yang mempengaruhi pelaksanaan pemeriksaan bukti permulaan, mengidentifikasi hambatan yang dihadapi dalam pelaksanaan pemeriksaan bukti permulaan, dan menganalisis cara yang sebaiknya dilakukan untuk mengatasi hambatan tersebut.Metode penelitian yang digunakan adalah survey diskriptif sehingga alat pengumpulan data yang utama adalah kuesioner. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ada tiga faktor yang mempengaruhi pelaksanaan bukti permulaan, yaitu Pemeriksa, Pelaksanaan pemeriksaan, dan Wajib Pajak. Pemeriksa dan pelaksanaan pemeriksaan relatif baik dijalankan dengan nilai tertinggi 131 dan nilai terendah 104 dari nilai maksimum 144. Masih ada hambatan yang ditemui mulai dari pelaksanaan sampai dengan tanggapan Wajib Pajak.