Pada tahun 1999 Pemerintah Republik Indonesia menetapkan Undangundang Nomor 38 Tahun 1999 tentang Pengelolaan Zakat yang kemudian dilanjutkan dengan reforrnasi Undang-Undang perpajakan yang salah satunya adalah Undang-Undang no. 7 Tahun 1983 sebagaimana telah dirubah terakhir dengan Undang-undang Nomor 17 Tahun 2000 tentang Perubahan Ketiga Atas Undang-Undang No.7 Tahun 1983 tentang Pajak Penghasilan. Irisan dari kedua undang-undang tersebut adalah diperkenankannya zakat sebagai faktor pengurang penghasilan kena pajak wajib pajak yang beragama Islam.
Hal tersebut menjadi sangat berarti mengingat sekalipun penerimaan pajak selalu meningkat tiap tahunnya tetapi tingkat kemiskinan masih tinggi dan kesenjangan pendapatan juga sangat lebar. Instrumen zakat diperlukan untuk memperkuat peran pajak dalam distribusi pendapatan yang di Indonesia masih sangat lemah.
Berdasarkan hal-hal di atas, maka permasalahan yang dapat diangkat adalah peran dan kedudukan baik zakat serta pajak dalam masyarakat Indonesia serta aspek sinergis antara keduanya. Penelitian pun dilakukan dengan mengadakan telaah literatur serta penggunaan data sekunder dari para pengelola zakat, infak dan sedekah (ZIS).
Metode penelitian yang digunakan adalah metode deskriptif yaitu bersumber dari literatur-literatur yang telah ada tanpa mengumpulkan data primer.
Kesimpulan yang diambil adalah agama Islam yang dianut oleh mayoritas masyarakat Indonesia juga mengatur masalah kebijakan fiskal. Juga di jaman Rasulullah SAW pada abad ke-6 Masehi, sekalipun dalam bentuk yang berbeda, kebijakan zakat dan pajak telah diterapkan. Karena itulah antara zakat dan pajak dapat dibedakan tetapi tidak dapat dipisahkan dalam kebijakan fiskal negara Indonesia yang berpenduduk (mayoritas) muslim. Fasilitas zakat sebagai pengurang penghasilan kena pajak masih terbatas pada zakat atas penghasilan, sedangkan potensi zakat yang cukup besar menyangkut pada zakat harta (zakat mal).
Berdasarkan kesimpulan, maka disarankan agar dilakukan sosialisasi baik tentang kebijakan zakat maupun pajak. Selain itu pula secara terus menerus memantau sistem perpajakan dan penyalurannya agar tidak melanggar prinsip keadilan. Agar fasilitas tersebut dimanfaatkan optimal oleh masyarakat, maka diperlukan perbaikan peraturan yang mengarah pada kemudahan masyarakat dalam membayar zakat agar dapat dikurangkan dari penghasilan kena pajak. Agar fasilitas pengurang Penghasilan Kena Pajak lebih menarik sehingga akan lebih mendorong wajib zakat melaporkan keadaan yang sebenarnya dan sekaligus melaporkan kewajiban pajaknya dengan benar perlu dipertimbangkan untuk memperluas fasilitas pengurang Penghasilan Kena Pajak tidak hanya terbatas pada zakat atas penghasilan tetapi sekaligus zakat atas harta (zakat mal). Sedangkan bagi non muslim perlu dipertimbangkan untuk diperlakukan kembali Pajak Kekayaan.