Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis relevansi penerapan sistem penggajian PNS saat ini terhadap sistem manajemen kepegawaian menurut UU No. 43 Tahun 1999 pada Badan Kepegawaian Negara dan memformulasikan sistem penggajian PNS yang adil dan layak berdasarkan beban kerja, kompetensi, dan kinerja PNS yang mencerminkan keadilan internal dan eksternal.Penelitian dilakukan terhadap 351 responden dari seluruh pegawai BKN dan 20 responden sebagai expert dari pejabat pengambil kebijakan (eselon I dan II) BKN. Pemilihan sampel dilakukan dengan menggunakan teknik Propotionate Stratified Random Sampling. Teknik analisis yang digunakan untuk menganalisis data adalah teknik analisis Uji Binomial untuk mengetahui efektif atau tidak efektif system penggajian PNS yang diterapkan saat ini dan Methode Point System untuk memformulasikan system penggajian PNS yang adil dan Iayak yang mencerminkan keadilan internal dan eksternal.Dari hasil penelitian yang dilakukan diketahui bahwa kondisi sistem penggajian PNS secara positif dan signifikan menunjukkan kondisi sistem penggajian PNS yang belum adil baik secara internal maupun eksternal, belum layak karena jumlah gaji yang diperoleh tidak cukup memenuhi kebutuhan hidup PNS dan belum relevan sesuai dengan UU. No. 43 Tahun 1999 karena system yang diterapkan belum sesuai dengan amanat UU No. 42 Tahun 1999. Selain itu hasil penelitian juga menunjukkan secara positif dan signifikan beberapa factor kunci pekerjaan dalam rangka perancangan sistem penggajian PNS yang adil, layak dan relevan sesuai UU. No. 43 Tahun 1999, antara lain : bobot jabatan, pendidikan, ketrampilan, tanggung jawab, pengalaman, kondisi Iingkungan kerja, resiko bahaya, fungsi pekerja, korelasi jabatan, dan wewenang. Sedangkan untuk memformulasikan system penggajian PNS terdiri dari dua komponen, yaitu komponen gaji jabatan yang diperoleh berdasarkan factor kunci pekerjaan dan komponen tunjangan yang diperoleh dari kinerja pegawai.