Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji faktor-faktor yang mempengaruhi kinerja pejabat struktural Kantor Wilayah Departemen Agama Daerah Khusus Ibukota Jakarta, dimana Jakarta merupakan salah satu pusat pemerintahan. Diharapkan instansi vertikal seperti Departemen Agama ini akan dijadikan parameter dalam mengukur kinerja di lingkungan Kantor Wilayah lain.Variabel bebas yang digunakan dalam penelitian ini meliputi : motivasi, pelatihan, kepemimpinan, struktur organisasi, sistem kerja dan sumber daya, sedangkan variabel terikat adalah kinerja pejabat. Data diperoleh melalui kuesioner yang disebarkan kepada seluruh pejabat struktural di lingkungan Kantor Wilayah Departemcn Agama Daerah Khusus Ibukota Jakarta sejumlah 41 pejabat struktural. Analisis yang digunakan untuk mengolah data dari hasil kuesioner yang disebarkan adalah : Skala pengukuran likert.Dari hasil penelitian menunjukan bahwa enam faktor menrpunyai korelasi dan pengaruh yang signifikan terhadap kinerja pejabat struktural dengan nilai tertinggi berturut-turut : sistem kerja, kepemimpinan, struktur organisasi, pelatihan, sumber daya dan motivasi. Korelasi dan signifikan tersebut secara prosentase dapat dilihat sebesar 93,7 %. Ini berarti bahwa hanya sekitar 6,3 % faktor yang kurang nlempengaruhi kinerja pejabat struktural.Agar faktor-faktor yang mempengaruhi kinerja pejabat struktural lebih berpotensi untuk meningkatkan kinerja pejabat dalam mencapai sasaran dan atau tujuan organisasi, maka perlu dilakukan pembinaan, pengembangan dan penyempurnaan aspek-aspek untuk memacu motivasi, peningkatan diktat, struktur organisasi, kepemimpinan dan sistem kerja dan peningkatan sumber daya (fasilitas kerja).