Terbitnya ketetapan pajak telah memunculkan masalah, yaitu beberapa Wajib Pajak yang bergerak di bidang migas (khususnya dalam rangka kerjasama Kontrak Production Sharing, KPS) menolak untuk menerima atau tidak menyetujui hasil ketetapan pajak yang diterbitkan KPP. Dengan penolakan tersebut, maka para Wajib Pajak mengajukan keberatan, bahkan atas keputusan yang dikeluarkan DIP jika tidak sesuai dengan permohonannya (keberatan WP ditolak), Wajib Pajak dapat mengajukan banding ke Badan Penyelesaian Sengketa Pajak (BPSP), yang kini bernama Pengadilan Pajak. Bahwa Badan Penyelesaian Sengketa Pajak (kini Pengadilan Pajak) sebagai lembaga peradilan yang menangani terjadinya sengketa pajak antara fiskus dengan Wajib Pajak, merupakan lembaga independen. Hal ini berarti bahwa baik fiskus maupun Wajib Pajak mempunyai kesempatan dan kedudukan yang sama di hadapan Majelis Sidang Pengadilan Pajak.Tipe penelitian yang dilakukan adalah deskriptif analitis dengan menguraikan terlebih dahulu mengenai data dan informasi yang diperoleh sebagai hasil penelitian. Pengumpulan data melalui dokumen dalam bentuk buku-buku karya ilmiah, peraturan-peraturan di bidang perpajakan atas migas dan dokumen lainnya seperti putusan-putusan yang dikeluarkan oleh Badan Penyelesaian Sengketa pajak (kini Pengadilan Pajak), laporan keuangan Wajib Pajak, maupun booklet perusahaan Pengumpulan data juga dilakukan di lapangan melalui wawancara.Perlakuan pajak atas penghasilan dari usaha di bidang migas didasarkan atas ring fence policy dan uniformity principle. Ring fence policy adalah kebijakan yang membatasi kerugian yang diderita oleh satu BUT di satu ladang minyak tidak bisa ditarik ke BUT lainnya yang mempunyai keuntungan walaupun BUT itu milik dari perusahaan yang sama. Jadi yang dipagari adalah kerugiannya. Sebagai akibat dilaksanakannya ring fence policy, untuk setiap wilayah kerja harus dibentuk satu perusahaan, sehingga apabila satu perusahaan induk hendak beroperasi dibeberapa wilayah kerja maka untuk setiap wilayah kerja harus didirikan satu perusahaan tersendiri, dan masing-masing harus mempunyai NPWP sendiri-sendiri. Dengan kata lain apabila perusahaan induk luar negeri beroperasi di beberapa wilayah kerja, maka akan ada beberapa BUT yang beroperasi di Indonesia. Sedangkan uniformity principle adalah kebijakan yang mengatur bahwa perhitungan PPh yang terhutang oleh KPS adalah sama dengan yang diatur oleh Undang-undang PPh sendiri, sehingga ada keseragaman dalam menghitung penghasilan kena pajak untuk Wajib Pajak KPS dan untuk Wajib Pajak-Wajib Pajak lainnya.Analisis akan difokuskan pada kesesuaian ketentuan perpajakan di lapangan dengan hukum positip yang berlaku, kesesuaian pengenaan pajak atas penghasilan usaha di bidang migas dengan azas-azas perpajakan, perbedaan penafsiran antara fiskus dengan Wajib Pajak dan permasalahan putusan banding yang telah dikeluarkan Badan Penyelesaian Sengketa Pajak (kini Pengadilan Pajak).Dari hasil penelitian dan wawancara diperoleh bahwa pada dasarnya pengenaan Pajak Penghasilan atas usaha di bidang migas yang terjadi di lapangan sudah sesuai dengan hukum positif yang berlaku. Yang dimaksud dengan "sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku" adalah undangundang pajak yang berlaku pads scat kontrak kerja sama ditandatangani dan berlaku sampai dengan berakhirnya jangka waktu kontrak tersebut. Dan pengenaan pajak atas penghasilan usaha di bidang migas pada hakikatnya telah sesuai dengan azas-azas perpajakan yang ada, baik dari asas equality, certainty, confinience of payment, maupun efisiensi. Meskipun terjadi perbedaan antara fiskus dan kontraktor namun perbedaan ini lebih diakibatkan adanya perbedaan persepsi dalam menafsirkan pospos pengeluaran dari pembukuan Wajib Pajak.Apabila keputusan yang dihasilkan dari upaya banding tetap belum memuaskan para pihak yang bersengketa, maka ditempuh upaya luar biasa berupa pengajuan peninjauan kembali ke Mahkamah Agung. Disarankan agar semua pihak yang bersengketa mentaati keputusan pengadilan.