Transaksi merger dan akuisisi pada umumnya merupakan strategi untuk pengembangan dan pertumbuhan, menyehatkan perusahaan dan meningkatkan sinergi baru, namun demikian atas penggabungan, peleburan dan pemekaran badan usaha tersebut juga mempunyai dampak pengenaan pajak.Pokok permasalahan yang timbul dalam merger dan akuisisi adalah apakah perusahaan yang melakukan merger dan akuisisi sudah seharusnya dikenakan Pajak Penghasilan. Pokok permasalahan tersebut dapat dirinci menjadi pertanyaan-pertanyaan, apakah berdasarkan substansi ekonomi ada penghasilan untuk perusahaan yang melakukan merger dan akuisisi, bagaimana ketentuan-ketentuan Pajak Penghasilan di Indonesia yang merger dan akuisisi, apakah perlakuan Pajak Penghasilan yang berlaku di Indonesia sudah tepat berdasarkan sistem pajak penghasilan Indonesia, apakah ada penyempurnaan yang dapat dilakukan atas perlakuan Pajak Penghasilan terhadap merger dan akuisisi.Apakah transaksi merger dan akuisisi merupakan salah satu transaksi yang akan menambah kemampuan ekonomis yang dapat dikonsumsikan atau menambah kekayaan Wajib Pajak yang kemudian dapat dikenakan pajak penghasilan.Sebagaimana tulisan Boatsman, Griffin, Vickrey, Williams, yang mengatakan bahwa transaksi pengalihan harta dimana pemegang saham tidak kehilangan posisi kepemilikannya, penggabungan tersebut tidak melibatkan penjualan kepada perusahaan lainnya, hal ini bukan transaksi penjualan atau pembelian.Kalau suatu badan usaha bergabung dengan badan usaha lain maka penggabungan badan usaha itu mengakibatkan pemindahan harta dari badan usaha yang satu kepada badan usaha yang melanjutkannya. Pemindahan harta itu apabila terjadi pada suatu tanggal dimana harga harta yang dipindahkan lebih tinggi dari pada harga perolehannya, maka selisih harta itu merupakan tambahan kemampuan ekonomis.Metode penelitian yang disesuaikan dengan permasalahan dan jenis tipe penelitian, penelitian lapangan dilakukan dengan jalan wawancara kepada pejabat yang berwenang sebagai pelaksana pemungutan pajak yaitu Direktorat Jenderal Pajak, para Konsultan Pajak dan salah satu Wajib Pajak yang melakukan penggabungan badan usaha bertujuan untuk meneliti dan menguraikan substansi ekonomi ada tidaknya penghasilan dalam transaksi merger dan akuisisi.Hasil temuan wawancara dengan Konsultan Pajak, Wajib Pajak yang melakukan penggabungan badan usaha dalam transaksi penggabungan, peleburan dan pemekaran badan usaha dalam pelaksanaan pengenaan pajaknya tidak melihat substansi ekonomisnya, dalam transaksi penggabungan, peleburan dan pemekaran badan usaha tidak selalu merupakan transaksi penjualan sehingga tida ada laba atau rugi.Dalam analisis yang penulis lakukan, bahwa penggabungan badan usaha yang dilakukan PT ABC dengan PT XYZ mengakibatkan terjadinya tambahan kemampuan ekonomis yang sudah selayaknya dikenakan pajak. Dalam perlakuan pelaksanaanya untuk mendorong perekonomian, kebijakan pemerintah memberikan fasilitas bebas pajak yaitu diperbolehkannya penggunaan nilai buku sebagai dasar pengalihan harta dalam transaksi penggabungan, peleburan dan pemekaran badan usaha sehingga laba atas pengalihan harta yang diperoleh PT XYZ dibebaskan dari pengenaan Pajak Penghasilan karena telah memenuhi syarat sebagaimana diatur dalam SE-231PJ.4211999 tanggal 27 Mei 1999.Dalam penulisan tesis ini, penulis simpulkan dan sarankan bahwa transaksi penggabungan, peleburan dan pemekaran badan usaha merupakan transaksi kena pajak dan bagi Wajib Pajak yang belum memahanu atas tambahan kemampuan ekonomis dalam transaksi penggabungan, peleburan dan pemekaran badan usaha agar dilakukan sosialisasi dengan jalan mengadakan seminar atau penyuluhan.