Masalah pokok dalam tesis ini adalah bahwa Keppres no. 8 tahun 1978 tidak dapat dilaksanakan secara penuh oleh Menteri Sekretariat Negara dan pemrosesnya anggaran yang tidak efektif dan tidak efisien. Kerangka teori yang digunakan dalam tesis menggunakan konsep koordinasi yang diambil dari pendapat Terry yaitu : untuk melaksanakan koordinasi diperlukan seorang koordinator yang menghimpun usaha kelompok dalam satu tindakan guna mengusahakan terciptanya tujuan bersama. Penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif analisis dengan pendekatan kwalitatif, dari informannya diambil dari pejabat yang menangani pemrosesan anggaran Lembaga dengan teknik wawancara. Dari hasil penelitian diperoleh temuan-temuan sebagai berikut : 1). bahwa penetapan alokasi dana untuk Lembaga Negara adalah wewenang Menteri Keuangan dan Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional, hal ini mengakibatkan tugas koordinasi yang harus dilakukan oleh Sekretariat Negara tidak dapat dilaksanakan secara sempurna. 2). Kegunaan DUK/DUP yang tidak jelas dan dominasi pengambilan keputusan oleh Direktorat Jenderal Anggaran dan Bappenas dalam pembahasan konsep DIK/DIP, menjadikan tidak bebasnya Lembaga Negara menyusun program yang benar. Sebagai saran perbaikan adalah :
Wewenang koordinasi administrasi keuangan Lembaga Negara oleh Sekretariat Negara agar terbatas pada pengawasan saja, sedangkan untuk perencanaan anggaran didelegasikan kepada Lembaga Negara yang bersangkutan.
Pengajuan DUKIDUP dan konsep DIKIDIP oleh Lembaga Negara yang bersangkutan, agar langsung ke Direktorat Jenderal Anggaran dan Bappenas.