Model persamaan simultan dalam tesis ini melibatkan 16 variabel yang terdiri dari 14 variabel endogen dan 2 variabel eksogen. Persamaan terdiri dari 13 persamaan tingkah laku dan 1 persamaan identitas. Data diambil dari Laporan Tahunan 26 Balai/Balai Besar POM dan sumber lain yaitu BPS. Proses pengolahan data dilakukan dengan software TSP 43A.Secara keseluruhan, model cukup baik menjelaskan pola pengalokasian anggaran diindikasikan dengan nilai t-statistik, F-statistik, R2 dan Theirs Inequality Coefficient (U-Theil).Simulasi dilakukan untuk melihat apakah kebijakan (diwakili dengn asumsi variabel) berdampak peningkatan efisiensi jumlah anggaran atau justru sebaliknya. Variabel yang disimulasikan adalah pengurangan jumlah peserta pendidikan dan pelatihan, pengurangan jumlah penyebaran informasi, penambahan alat laboratorium serta peningkatan cakupan pengawasan - jumlah sarana termasuk IRTP.Hasil simulasi memberikan gambaran bahwa pengurangan jumlah peserta pendidikan dan pelatihan serta pengurangan jumlah penyebaran informasi memberikan hasil yang kurang efisien dibandingkan simulasi data awal. Sedangkan penambahan alat laboratorium dapat meningkatkan efisiensi. Sementara pada peningkatan cakupan pengawasan, terjadi efisiensi jumlah anggaran, tetapi dengan peningkatan jumlah sampel dan penurunan alat laboratorium, hal ini akan menyulitkan pelaksanaan fungsi pengujian Balai/Balai Besar POM.