Tata cara atau prosedur eksekusi putusan Pengadilan Agama tidaklah secara rinci diatur dalam Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama. Pasal 54 Undang-undang tersebut hanya mengatur dan menjelaskan bahwa Hukum Acara yang berlaku pada pengadilan dalam lingkungan Peradilan Agama adalah Hukum Acara Perdata yang berlaku pada pengadilan dalam lingkungan Peradilan Umum, kecuali yang telah diatur secara khusus dalam Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989 sehingga peraturan hukum pelaksanaan (eksekusi) putusan Peradilan Agama menggunakan, terutama, pasal-pasal yang terdapat dalam HIR (Het Herziene Inlandsche Reglement) atau RBg (Rechts Reglement Buitengewesten) sebagaimana yang berlaku di pengadilan dalam lingkungan Peradilan Umum.Sampai saat ini perkara yang paling banyak diterima dan diputus oleh Pengadilan Agana Yogyakarta adalah perkara perceraian (gugatan cerai dan permohonan talak), yang sebagian besar diajukan oleh pihak wanita. Dalam hal suami tidak bertanggung jawab terhadap kehidupan rumah tangga, pihak isteri dapat segera mengajukan gugatan perceraian. Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989 memberikan perlindungan dan kemudahan tata cara atau prosedur pengajuan gugatan perceraian, yaitu cukup diajukan di tempat domisili hukum pihak wanita.Eksekusi putusan Pengadilan Agana secara umum dapat dijalankan. Namun, eksekusi, dalam prakteknya terdapat faktor-faktor yang menghambat atau menjadi kendala yaitu ketidakhadiran pihak-pihak ketika eksekusi dilakukan, ketidakmauan termohon eksekusi untuk melaksanakan putusan secara sukarela. Eksekusi putusan yang berisi beberapa hukuman atau perbuatan hukum sekaligus yang harus dilakukan pihak-pihak yang berperkara (kumulasi), dan hilang atau tidak adanya barang/harta (objek eksekusi), atau karena disita oleh pihak lain yang berhak (pengadilan lain atau bank) yang baru diketahui saat sita eksekusi atau eksekusi dijalankan.Meskipun terdapat faktor-faktor yang membuat terhambatnya atau tertundanya eksekusi putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum yang tetap, secara umum eksekusi putusan tetap dapat dijalankan oleh Pengadilan Agama Yogyakarta. Bahkan, eksekusi putusan itu semua dapat diselesaikan tanpa ada yang melalui tahap penjualan lelang.