Tesis ini meneliti mengenai kebudayaan pesantren, manajemen dan perilaku santri yang berkenaan dengan kesehatan dalam konteks penciptaan dan pemeliharaan kondisi lingkungan yang bersih dan sehat di pesantren. Status kesehatan seseorang dipengaruhi oleh faktor keturunan, kualitas dan kuantitas sarana pelayanan kesehatan, perilaku hidup sehat seseorang atau masyarakat dan keadaan lingkungan hidupnya. Hal ini sebagaimana dikatakan Foster (1986) bahwa di samping faktor biologis, faktor-faktor sosial-psikologi dan faktor budaya sering memainkan peran dalam.mencetuskan penyakit Namun begitu lingkungan bukan satu-satunya faktor yang mempengaruhi kesehatan, tetapi memiliki arti penting karena sampai batas tertentu dapat dikendalikan terutama yang diakibatkan perilaku atau perbuatan manusia. Adapun kebijakan sosial dan ekonomi untuk mendapatkan makanan yang cukup, air yang sehat, atau yang membuat orang lalai bahwa peralatan-peralatan sanitasi yang tak sempurna, tradisi kebudayaan, lembaga ekonomi, sanitasi dan kebijakan lain yang mempengaruhi munculnya penyakit semuanya turut mempengaruhi kesehatan.Pesantren sebagai salah satu elemen pendidikan juga menempatkan masalah tersebut dalam kurikulumnya, menyangkut di dalamnya kitab-kitab yang menjadi rujukan dan dipelajari serta dipergunakan di pesantren. Pesantren yang notabene merupakan lembaga pendidikan Islam tentu saja dalam praktek kesehariannya berdasarkan ajaran Islam pula. Secara universal Islampun juga mengangkat isu mengenai masalah kesehatan maupun kebersihan dan bahkan anjuran memakan makanan- minuman yang thoyyib yaitu makanan atau minuman yang bagus kualitas gizinya maupun halal cara memperolehnya. Dalam hal ini pula ada makanan yang secara tegas dilarang untuk dikonsumsi. Dalam Hadits (sumber hukum kedua setelah Alquran) dengan jelas juga dikatakan bahwa kebersihan merupakan sebagian dari iman, mukmin yang kuat lebih baik dan lebih disukai Allah daripada mukmin yang lemah dan juga menganjurkan untuk menjaga kebersihan dengan segala usaha yang dapat dilakukan.Pesantren memang merupakan suatu komunitas tersendiri dimana semua rambu-rambu yang mengatur kegiatan dan batas-batas perbuatan, misalnya halal-haram, wajib-sunah, baik-buruk dan sebagainya dipulangkan kepada hukum agama, dan semua kegiatan dipandang dan dilaksanakan sebagai bagian dan ibadah keagamaan dengan kata lain semua kegiatan kehidupan selalu dipandang dalam struktur relevansinya dengan hukum agama. Salah satunya dalam hal kebersihan atau kesehatan. Banyak hal-hal yang dianggap bersih dan suci oleh pesantren, karena dibolehkan oleh hukum agama tetapi tidak bersih atau tidak sehat menurut konsepsi ilmu kesehatan. Sehingga cara pandang ini tentu sangat membedakan antara komunitas pesantren dengan masyarakat "diluar" pesantren.Masyarakat pada umumnya memberikan batasan tentang kesehatan adalah batasan yang diangkat dari batasan kesehatan menurut Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) sebagaimana termaktub dalam Undang-undang Kesehatan No.23 Tahun 1992, yaitu keadaan sejahtera badan, jiwa, dan sosial yang memungkinkan setiap orang hidup produktif secara sosial dan ekonomi. Sehingga secara normatif dan sistematik meskipun pesantren telah memiliki kurikulum dan pengajaran sebagaimana tersebut diatas, namun pada kenyataannya masalah-masalah kesehatan terutama hubungan mata rantai yang telah menyebabkan munculnya penyakit dapat terjadi. Hal ini disebabkan adanya pemahaman yang berbeda antara pesantren dengan masyarakat "diluar" pesantren terutama yang berkaitan dengan masalah-masalah kesehatan. Masyarakat pesantren selalu mengembalikan pemahaman mereka kepada kaidah hukum Fiqh, sehingga mereka memiliki persepsi sendiri mengenai kebersihan lingkungannya terutama untuk sebagai sarana ibadah semata-mata kepada Allah SWT sehingga yang terpenting menurut pesantren adalah kesucian sarana tersebut, yaitu terbebas dari najis sehingga tidak menghalangi sahnya suatu ibadah. Hukum fiqh begitu menempati kedudukan yang dominan pada tata nilai dalam kehidupan di lingkungan pesantren. Sedangkan pengajaran mengenai fiqh ini sebagaian besar diperoleh pada kitab-kitab kuning. Kitab kuning merupakan kitab-kitab pengajaran Islam klasik, yang berbahasa Arab dan ditulis oleh para ulama abad pertengahan (7-13 Hijriah).Hal ini tentu turut menjadi pemicu terjadinya perbedaan pemahaman tentang kondisi pemeliharaan kebersihan dan kesehatan di pesantren dengan pemahaman masyarakat "diluar" pesantren. Demikian pula dengan kebudayaan pesantren dalam konteks ini yang merupakan keseluruhan pengetahuan yang dimiliki oleh komunitas pesantren dimana di dalamnya berisi perangkat-perangkat, model-model pengetahuan yang terwujud dalam perilaku, tindakan, nilai-nilai yang digunakan untuk memahami dan menginterpretasikan mengenai kesehatan lingkungan dan masalah-masalah kesehatan yang ditimbulkannya serta pengelolaan kebijakan-kebijakan pesantren yang terkait secara langsung maupun tidak langsung dengan kondisi kebersihan dan kesehatan lingkungan.Disamping itu, terjadi kontradiksi (penafsiran/ pemahaman yang bertolak belakang) perilaku sehari-hari di pesantren dengan cara pandang masyarakat "diluar' pesantren mengenai kesehatan lingkungan hidup sehari-hari juga didukung oleh kurang memadainya fasilitas-fasilitas bangunan maupun tempat tinggal santri sehingga kurang mendukung terbentuknya kondisi lingkungan yang kondusif dan sehat serta nyaman untuk belajar. Kondisi ruangan, kamar mandi dan sarana sanitasi lainnya termasuk pengelolaan sampah dan sebagainya. Kondisi ini sangat mempengaruhi perilaku keseharian mereka terutama dalam upaya pemeliharaan sanitasi dan kesehatan lingkungan yang optimal.