Fokus penelitian ini adalah pembahasan tentang hubungan Majelis Ulama Indonesia (MUI) dan pemerintah pasca Orde Baru. Dan waktu penelitiannya dipusatkan pada masa dimulainya era reformasi atau pasca tumbangnya pemerintahan Orde Baru pada 21 Mei 1998. Namun demikian, sebagai bahan perbandingan, dibahas pula pola-pola hubungan yang diperlihatkan MUI dan pemerintah pada masa Orde Baru untuk mendukung penelitian ini. Sebab, pada periode ini hubungan MUI dan pemerintah mengalami beragam dinamika dari oposisional kritis pada masa Hamka sampai akomodatif pada masa KH Hasan Basri.Dinamika hubungan MUI dan pemerintah baik pada masa pra dan pasca Orde Baru tentu saja tidak lahir begitu saja, melainkan karena dipengaruhi perkembangan sosial-politik yang terjadi di Indonesia, terutama relasi antara negara dan masyarakat, dalam hal ini, Islam. Oleh karena itu, sangatlah relevan jika peneliti melihat latar belakang munculnya pola hubungan semacam itu atau faktor yang mempengaruhinya, terutama dalam konteks hubungan MUI dan pemerintah pasta Orde Baru yang menjadi fokus penelitian ini.Penelitian ini bersifat kualitatif Untuk pengumpulan data di lapangan digunakan tiga teknik: Document analysis: dipergunakan untuk menelaah data-data yang telah ada yang , berupa wawasan dan Pedoman Dasar dan Pedoman Rumah Tangga (PD/PRT) MUI yang barn atau pernyataan-pernyataan sikap dan taushiyah atau rekomendasi MUI yang dikeluarkan selama masa pasca Orde Baru ini, jugs makalah, jurnal, buku-buku hasil penelitian sebelumnya yang relevan. Depth Interview : wawancara dengan beberapa orang pengurus MUI pusat. Unstructured observation: dipergunakan untuk melakukan oberservasi secara langsung tetapi tidak terstruktur dengan mengamati perkembangan-perkembangan yang terjadi di MUI.Teori yang digunakan untuk menganalisis data-data tersebut adalah teori civil society yang berguna untuk melihat posisi MUI sebagai bagian dan civil society vis-a-vis pemerintah, dan teori analisis wacana kritis (critical discourse analysis) dari model Teun A. van Dijk untuk menganalisis sejumlah pernyataan sikap dan taushiyah atau rekomendasi yang dikeluarkan MUI pasca Orde Baru.Hasil temuan di lapangan menunjukkan bahwa pola hubungan MUI dan pemerintah pasca Orde Baru yang kritis dengan sejumlah indikatomya tampaknya banyak dipengaruhi oleh perubahan sistem politik yang tengah berlangsung di Indonesia pasta tumbangnya pemerintah Orde Baru. Yaitu, munculnya enomena liberalisasi politik yang membuka pintu lebar-lebar bagi digunakannya hak-hak warga negara: hak berbicara, hak mengkritik, hak berserikat dan berkumpul dan seterusnya. Lahirnya partai-partai politik yang berjumlah lebih dari 150 buah merupakan pengejawantahan dari liberalisasi politik tersebut. Dan di antara partai-partai tersebut terdapat partai-partai politik Islam atau berkonstituen islam dalam jumlah yang cukup siginifikan. sehingga bagi sebagian kalangan, fenomena ini disebutnya sebagai kebangkitan kembali politik Islam.Dalam konteks sosial-politik inilah di mana sistem politik Indonesia pasca Orde Baru dentildan longgar dengan adanya liberalisasi itu-MUI menampilkan pola hubungaanya dengan pemerintah. Kondisi ini sangat berpengaruh terhadap performance MCA yang mulai menampakkan kebeianian dan kekritisan terhadap kebijakan-kebijakan pemerintah. Di sini MUI bahkan merumuskan "paradigma baru" guna merespons perkembangan situasi tersebut, seperti dengan melakukan perubahan-perubahan substantif atas hal-hal fundamental dalam Pedoman Dasar dan Pedoman Rumah Tangga (PDIPRT)nya, semisal asas organisasi, kaitan struktural dengan pemerintah dan sebagainya Dan perubahan-pensbahan itu kemudian direfleksikan dalam berbagai pemyataan sikap MUI dan taushiyah alau rekomendasi yang sangat kritis. Namun begitu, kekritisan MUI itu tetap dalam kerangka menjalankan fungsi civil society yang tidak menegasikan pemerintah atau negara karena posisinya sebagai jembatan penghubung antara pemerintah dan rakyat, yang mengharuskannya tetap menjalin hubungan dengan pemerintah seraya memelihara kekritisan. Karenanya pola hubungan semacam ini lebih tepat untuk disebut resiprokal kritis.Memang muncul juga masalah, di tengah fenomena liberalisasi politik pasca Orde Baru yang acap tak terkendali, MCA juga tarapak terhanyut oleh eforia kebebasan, sehingga pada tingkatan tertentu, ia cenderung ke arah kanan atau membawa semangat aliran. Dalam hal ini, keberpihakannya kepada idelogi Islam sangat kuat, yang terkadang membuatnya tampil kurang bijak dalam melihat suatu persoalan atau malah menyederhanakan persoalan. MUI, misalnya, sering menggunakan istilah-istilah yang berkonotasi ideologic, semacam "kafir harbi, "jihad fi sabilillah" dan sebagainya dalam sejumlah pernyataan sikap dan taushiyah atau rekomendasi yadg dikeluarkannya selama masa pasca Orde Baru ini.Dengan demikian, sistem politik pasta Orde Baru yang sangat longgar itu telah membawa pengaruh yang signifikan pada pola hubungan MUI dan pemerintah pasca Orde Baru. Dt satu sisi, ia sudah mulai tampil berani dan kritis terhadap kebijakan pemerintah tetapi di sisi lain, terdapat pula kecenderungan bahwa ia agak teihanyut pada semangat aliran. Tentu saja tidak tertutup kemungkinan ada variable-variabel lain yang turut berperan dalam pola hubungan semacam itu sehingga memungkinkan untuk dijadikan penelitian lebih lanjut.