Kerusuhan beruntun tiga kali yang dilakukan oleh TKI di Malaysia pada bulan Desember 2001 dan Januari 2002 menjadi pemicu keinginan pemerintah Malaysia memberlakukan peraturan keimigrasian terbaru: yaitu Akta Imigresen Nomor 1154 Tahun 2002. Pemberlakuan peraturan baru tersebut berdampak kepada terdeportasinya ratusan ribu TKI dari Sabah-Serawak Malaysia ke Nunukan. Kondisi Nunukan sebagai ibukota Kabupaten baru yang serba terbatas dari segi sarana, prasarana maupun aparatur membuat keadaan para TKI yang tertahan di Nunukan sangat menderita dan memprihatinkan. Tingginya jumlah TKI yang sakit dan jumlah TKI yang meninggal mencapai 70 orang menjadi bukti akan buruknya kondisi mereka.Angka tersebut sekaligus menjadi tanda lemahnya tindakan antisipasi pemerintah dalam menangani TKI deportasi tersebut. Bantuan dan perhatian pemerintah pusat diberikan pada bulan September, padahal puncak masa kritis penderitaan TKI terjadi pada bulan Agustus. Penanganan yang terlambat bahkan sikap diam tidak berbuat apa-apa tersebut merupakan kebijakan dari pemerintah.Dalam kaitan itu, tesis ini berusaha menjawab faktor-faktor apa yang mempengaruhi negara sehingga terlambat dalam memberikan penanganan terhadap deportasi TKI di Nunukan. Kebijakan negara sebagai output dari proses politik yang terjadi dalam sebuah sistem politik dipengaruhi oleh faktor-faktor supra struktur, infra struktur, dan lingkungan internasional, sebagaimana disebutkan oleh Almond dalam teori-konsep sistem politik. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif analitis.Faktor pertama supra struktur politik berpengaruh negatif terhadap kebijakan penanganan TKI deportasi, perangkap koalisi dalam sistem pemerintahan kuasi presidensial telah menyebabkan pemerintahan Megawati dan DPR berada dalam kondisi yang problematik. Ketergantungan presiden terhadap DPR dan kepentingan DPR sebagai bagian dari pemerintahan Megawati menyebabkan kinerja kedua institusi tersebut lemah, bahkan DPR menjadi tumpul dalam melaksanakan fungsi kontrol terhadap pemerintahan Megawati.Faktor kedua infra struktur politik berpengaruh positif terhadap kebijakan penanganan TKI deportasi, kekuatan dari infra struktur seperti partai politik oposisi, LSM dan media-pers berupaya bersikap kritis melawan kebijakan pemerintah yang tidak berpihak kepada kepentingan TKI. Perjuangan infra struktur menghadapi kendala karena sikap partai-partai besar yang terlibat dalam koalisi pemerintahan maupun yang ada di DPR cenderung tidak senang terhadap persoalan tersebut. Pertimbangannya jelas, kasus ini dapat merongrong pemerintahan koalisi Megawati.Faktor ketiga pengaruh lingkungan internasional yang dalam hal ini fokus kepada hubungan bilateral Indonesia dengan Malaysia. Faktor ketiga ini berpengaruh negatif terhadap kebijakan penanganan TKI deportasi. Ketegangan hubungan antara kedua negara yang dipicu oleh kerusuhan beruntun oleh TKI telah menyebabkan pemerintah Malaysia kurang respek terhadap berbagai upaya Indonesia menangani TKI deportasi. Yang lebih sulitnya lagi adalah dalam suasana hubungan seperti itu ketergantungan Indonesia terhadap Malaysia lebih besar daripada sebaliknya Malaysia terhadap Indonesia. Kapabilitas sistem politik Indonesia lebih lemah dibandingkan dengan kapabilitas sistem politik Malaysia.Dari ketiga faktor berpengaruh tersebut yang paling dominan adalah faktor supra struktur politik. Faktor ini menyebabkan negara tidak dapat memberikan penanganan yang baik terhadap TKI deportasi.