Jatuhnya rejim Orde Baru yang telah berkuasa selama 32 tahun membawa perubahan besar dalam kehidupan bernegara di Indonesia. Sejak itu perubahan-perubahan mendasar yang menuju ke arah demokrasi terus dilakukan. Walaupun perubahan yang terjadi belum berhasil secara maksimal. Tetapi keinginan untuk melakukan perubahan kearah yang lebih baik datang dari segala lapisan masyarakat. Walaupun masih ada sebagian yang tetap ingin bertahan dan mendukung status quo.Militer dalam hal ini TNI yang selama pemerintahan Orde Baru menjadi penopang utama, menghadapi tuntutan dan tekanan dari masyarakat untuk mereformasi din. Ada dua hal penting reformasi yang dikehendaki masyarakat, pertama tuntutan untuk mengurangi peran politik dan sosial lewat dwifungsinya, kedua adanya tuntutan dari masyarakat untuk mengurangi peran komando teritorial, karena komando teritorial selama ini hanya menjadi alat untuk mengawasi pemerintahaan sipil. Dengan struktur seperti itu, Koter lebih merupakan birokrasi bayangan pemerintahan sipil sehingga memudahkan militer untuk mengetahui segala aktivitas pemerintahan sipil.Keterlibatan militer dalam politik praktis akan mengurangi profesionalisme militer, demikian juga dengan keterlibatan militer dalam bisnis. Adanya kepentingan politik dan bisnis inilah membuat militer melakukan intervensi dalam politik. Adanya asumsi bahwa keuntungan secara politik akan diikuti dengan keuntungan secara finansial. Hal inilah penyebab intervensi militer dalam pemilihan Gubernur Maluku Utara.Kepentingan militer di Maluku Utara membuat militer merasa terusik ketika calon Gubernur berasal dari kelompok yang tidak mengamankan kepentingan militer dan kelompoknya. Dengan memanfaatkan situasi yang kurang stabil, militer berusaha untuk menjegal calon yang bukan dari kelompoknya. Keterlibatan militer dalam politik ini, membuat militer kurang mengakui supremasi sipil.Metodologi dalam penelitian ini kualitatif, dengan pendekatan struktural. Teknik pengunpulan data dengan menggunakan wawancara mendalam, literatur yang berhubungan dengan permasalahan. Dan secara teoritik, penelitian ini memiliki korelasi dengan beberapa teari yang dipergunakan sebagai unit analisis dalam penelitian ini.Dalam penelitian ini terbukti bahwa adanya intervensi militer di dalam proses pemilihan Gubernur Maluku Utara. Intervensi ini dapat kita lihat bagaimana aparat keamanan melakukan intimidasi kepada anggota dewan. Selain itu militer juga melakukan pendekatan kepada elit tradisional yang tidak mendukung calon yang dikendaki oleh militer.Intervensi yang dilakukan oleh militer dalam pemilihan Gubernur ini berkaitan erat dengan kepentingan militer di daerah itu yang harus dilindungi, jika yang terpilih bukan orang yang dapat melindungi kepentingan militer dan kelompoknya maka akan merugikan militer.