Pokok permasalahan tesis ini adalah untuk menjawab pertanyaan bagaimana pemerintah pusat atas nama negara bersikap lewat kebijakan yang diambilnya atas konflik Indorayon selama masa kurun waktu 1998-2003. Pemilihan rentang waktu tersebut karena selama masa itu telah terjadi pergolakan paling besar dan paling mengkhawatirkan selama berdirinya pabrik tersebut. Sejumlah korban nyawa terjadi, perlawanan rakyat mendapat dukungan dari kaum agamawan dan sejumlah tokoh masyarakat. Selain itu, kurun waktu tersebut merupakan masa lima tahun era reformasi bergulir, yang ditandai dengan tampilnya pemerintahan baru, dan selama masa lima tahun itu tiga pemerintahan telah berkuasa: BJ Habibie, Abdurrahman Wahid dan Megawati Soekarnoputri.Metode yang digunakan adalah metode kualitatif-explanatif kritis. Disebut kualitatif karena tesis ini menjawab pertanyaan "bagaimana" pemerintah bersikap atas konflik tersebut. Lalu pokok permasalahan itu dijelaskan secara ekplanatif Pokok masalah secara komprehensif diperoleh lewat penelusuran literatur-literatur dan melakukan wawancara dengan berbagai pihak terkait. Seluruh sumber ini kemudian dianalisis secara kritis dan dikaitkan dengan teori-teori yang dipergunakan.Dalam meneliti permasalahan tersebut, tesis ini menggunakan teori konflik dan konsensus dari Maurice Duverger yang melihat bagaimana konflik telah terjadi antara masyarakat dengan pihak pengusaha lalu pemerintah memberi konsensus atas konflik tersebut. Teori ini menampakkan pentingnya daya tawar dari yang berkonflik sebelum mencapai konsensus. Teori lain yang digunakan adalah pendekatan Teori System dari David Easton, yang melihat adanya tahap input-proses-out put. Teori System ini digunakan untuk melihat bagaimana, pemerintah sampai kepada kebijakan tertentu atas konflik yang terjadi. Teori lain yang digunakan adalah teori Kebijakan Publik dari Randal G. Stewart yang melihat adanya empat bidang pendekatan strategis pads kebijakan yakni: evaluasi, perencanaan strategi, implementasi strategis, formulasi dan resource allocation. Teori ini juga menjelaskan bagaimana daya tawar (bargaining) masyarakat secara kritis turut menganalisis kebijakan tersebut.Dari seluruh penelusuran tersebut diperoleh kesimpulan bahwa pemerintah dalam mengambil kebijakannya bersandar pada kepentingan bangsa yang lebih luas, dengan tetap memperhatikan tuntutan masyarakat sekitar. Tampak sekali penguatan masyarakat sipil yang kritis terhadap setiap kebijakan yang diambil oleh pemerintah. Sementara itu, semakin membaiknya stabilitas nasional membuat pemerintah yang berkuasa semakin mampu untuk berpegang secara konsisten pada kebijakan yang diambilnya. Tiga masa pemerintahan: BJ Habibie, Abdurrahman Wahid dan Megawati Soekarnoputri menunjukkan bagaimana proses konsistensi pada kebijakan tersebut semakin menguat.