Rumah Sakit yang mempunyai tugas utama penyembuhan dan pemulihan, perlu mempunyai manajemen yang baik agar operasional rumah sakit dapat berjalan dengan efektif dan efisien. Pengendalian intern yang merupakan alat pengawasan manajemen, perlu dilaksanakan dengan efektif khususnya dalam pengelolaan penyimpanandan distribusi obat. Di RSUP Persahabatan diidentifikasi adanya masalah inefisiensi dalam pengelolaan penyimpanan dan distribusi obat, dengan asumsi inefisiensi tersebut bersumber dari tidak efektifnya mekanisme kontrol dari pengendalian intern dan aspek-aspeknya. Tujuan dari penelitian adalah meningkatkan efisiensi pengelolaan penyimpanan dan distribusi obat dengan meningkatkan pelaksanaan pengendalian intern. Diharapkan agar penelitian ini bermanfaat dalam memberikan masukan bagi pimpinan dalam upaya pengembangan manajemen rumah sakit. Metodologi yang digunakan adalah metode telaah kasus dan pendekatan pemecahan masalah. Dengan kata lain penelitian ini adalah penelitian kualitatif deskriptif, dimana pengumpulan data dilakukan dengan pencatatan berperan serta, focus group discussion (fgd), indepth interview dan rangkuman data sekunder. Analisa data dilakukan secara kualitatif deskriptif. Dari hasil penelitian diperoleh data bahwa mekanisme pengendalian intern dalam penyimpanan dan distribusi obat sudah berjalan cukup baik, namun masih ditemukan beberapa kelemahan dalam hal pengorganisasian, prosedur pencatatan, praktek yang sehat dan aspek tenaga. Kesimpulan dari penelitian ini adalah ternyata elemen-elemen dari pengendalian intern itu sendiri sangat berperan dalam pengelolaan dan distribusi obat dan keberadaan/ketersediaan data-data yang diperlukan untuk pengambilan keputusan manajemen. Saran yang dapat diajukan adalah pengendalian hendaknya dilakukan secara terpadu, tersedianya protap, pedoman tertulis dan kebijaksanaan yang baku serta optimalisasi fungsi depo-depo obat.