Mekanisme hubungan keuangan pusat dan daerah berdasarkan Undang-undang Nomor 32 Tahun 1956 tidak seluruhnya dapat dilaksanakan, selanjutnya untuk mengisi kekosongan peraturan, muncul kebijaksanaan dalam pemberian Subsidi kepada Daerah yang dikenal dengan nama Subsidi Daerah Otonom (SDO).Dalam perkembangannya keadaan tersebut mengakibatkan hubungan keuangan pusat dan daerah yang terbentuk, di mana Subsidi Daerah Otonom termasuk di dalamnya, menjadi bersifat terpecah-pecah; tidak memiliki dasar hukum yang kuat; dan sangat fleksibel.Tujuan pemberian Subsidi Daerah Otonom sebenarnya adalah untuk memperkuat keuangan daerah sebagai pelaksanaan prmsip otonomi daerah. Namun pada saat ini alokasi Subsidi Daerah Otonom justru berakibat ada ketergantungan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi alokasi Subsidi Daerah Otonom dan atas dasar keadaan tersebut diupayakan untuk mendesain sistem alokasi yang diharapkan.Berdasarkan teori perilaku organisasi, diketahui bahwa alokasi Subsidi Daerah Otonom merupakan bentuk dari kebijaksanaan sebagai hasil pengambilan keputusan organisasi. Sehingga faktor-faktor yang mempengaruhinya adalah faktor internal organisasi yang meliputi perilaku, struktur, dan proses organisasi, serta faktor eksternal organisasi yang meliputi politik dan ekonomi. (Gibson, Ivanicevich dan Donnelley, 1994).Dalam penelitian ini digunakan jenis penelitian deskriptif dengan menitikberatkan cara penelitian pada studi sebab-akibat dan perbandingan, serta studi korelasi.Masing-masing variabel faktor internal dan eksternal organisasi memiliki pengaruh yang sangat kuat. Variabel faktor internal (struktur, dan proses) semuanya berpengaruh kuat, sedangkan variabel faktor eksternal organisasi berupa faktor ekonomi pengaruhnya lemah, namun ternyata faktor politik pengaruhnya justru kuat terhadap alokasi Subsidi Daerah Otonom. Pengaruh dari masing-masing variabel tersebut tidak selalu searah, sebagian bersifat memperburuk dan sebagian sangat kondusif terhadap alokasi Subsidi Daerah Otonom.Selanjutnya disarankan agar dilakukan reformulasi dan redesain terhadap sistem alokasi Subsidi Daerah Otonom dengan memperhatikan pelaksanaan otonomi serta upaya untuk memperkokoh keuangan daerah.