Latar belakang penelitian ini adalah selama ini penelitian tentang pesantren masih jarang yang meniliti pesantren yang berbasis Muhammadiyah. Kebanyakan yang diteliti adalah pesantren berbasis NU yang secara historis merupakan milik pribadi seorang kyai. Model seperti itu berkaitan dengan sistem kepemimpinan tradisional yang lebih mengandalkan kepada kharisma yang dimiliki kyai. Kyai adalah orang yang memiliki peranan besar dalam menentukan mekanisme institusional dalam mengelola pesantren. Sejalan dengan dinamika kehidupan masyarakat dan proses perubahan sosial yang cepat, pesantren mengalami perubahan serta perkembangan pesat. Berkaitan dengan perubahan model kepemimpinan, seorang kyai tidak lagi mengurusi semua hal, ia hanya dijadikan manajer Namun, proses perubahan pesantren menjadi lembaga formal ke dalam bentuk yayasan yang berbadan hukum serta struktur organisasi yang lebih modern, pada realitasnya tetap tidak merubah kesan bahwa pesantren merupakan properti keluarga. Karena proses pelembagan pesantren menjadi yayasan tetap mendudukan keluarga kyai terdekat sebagai pemegang kebijakan.Oleh karena itu, sangat relevan untuk melihat dan menganalisis pola kelembagaan dan mekanisme penyelenggaraan serta sistem kepemimpinan dari sebuah pesantren yang didirikan bukan atas dasar inisiatif mandiri dari kyai, akan tetapi pesantren yang didirikan sebagai sebuah lembaga pendidikan keagamaan dari organisasi Muhammadiyah. Pesantren Muhammadiyah kebanyakan berdiri atas kebutuhan organisasi terhadap kelangkaan ulama yang ada di Muhammadiyah, sehingga pesantren yang berada dibawah asuhan Muhammadiyah sangat berorientasi kepada persyarikatan guna menjawab kebutuhan organisasi. Segala kebijakan, aturan dan mekanisme yang dibangun akan disesuaikan dan selaras dengan cita-cita persyarikatan Muhammadiyah sebagai organisasi yang membidani kelahiran pesantren tersebut.Pesantren Darul Arqam Muhammadiyah Garut adalah pesantren yang didirikan oleh lembaga (Muhammadiyah) dengan memakai pola yayasan yang memakai struktur organisasi modern. Status pesantren ini adalah milik Muhammadiyah. Hal ini terlihat dari proses berdirinya yang dibangun secara bersama-sama oleh para anggota Muhammadiyah Garut. Oleh karena pesantren ini bukan milik pribadi melainkan milik lembaga, maka peran lembaga Muhammadiyah dalam menentukan gerak dan langkah pesantren sangat besar. Sistem dan mekanisme aturan yang ada ditetapkan secara bersama-sama sesuai dengan aturan yang ada dalam persyarikatan Muhammadiyah.Muhammadiyah sebagai pemilik pesantren menunjuk beberapa orang sebagai badan pengelola yang bertugas menjalankan roda keseharian pondok pesantren dengan dipimpin oleh seorang mudir. Dalam menjalankan pengelolaan pondok, badan pengelola diberi kewenangan secara otonom dan penuh. Sedangkan untuk mengawasi dan mengontrol setiap kebijakan dan pengelolaan pondok, Muhammadiyah menunjuk Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Garut sebagai badan pengawas. Sistem yang ada akan berjalan secara efektif kaiau semua unit melaksanakan peran dan fungsinya masing-masing. Tapi, kalau salah satu tidak berjalan maka akan terjadi disfungsi. Walaupun secara model kelembagaan, pesantren Darul Arqam Muhammadiyah memakai pola kelembagaan yang berbentuk yayasan, namun karena PDM sebagai badan pengawas tidak berfungsi maka terjadi pergeseran menjadi kelembagaan yang didominasi oleh seseorang.Pesantren Darul Arqam Muhammadiyah Garut, sebagai pesantren yang didirikan oleh lembaga, memiliki kekhasan yang menjadi ciri dan identitas lembaga yang mendirikannya, Panama, tujuan pesantren Darul Arqam Muhammadiyah Garut dirancang khusus untuk mencetak kader-kader ulama persyarikatan yang berwawasan luas, mandiri dan kreatif sesuai dengan kepribadian Muhammadiyah. Kedua, pada aspek kurikulum selain mengacu kepada kurikulum yang ditetapkan oleh Departemen Agama (Tsanawiyah dan Aliyah), Departemen Pendidikan Nasional (SLTP dan SMU), dan pesantren secara umum, juga memiliki kurikulum yang berbau idialogis, yaitu dengan memasukan mata pelajaran kemuhammadiyahan dan ketarjihan sebagai mata pelajaran wajib. Ketiga, secara pengelolaan di Pesantren Darul Arqam Muhammadiyah Garut, ada keterlibatan organisasi Muhammadiyah sebagai pemilik dengan menunjuk Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Garut sebagai badan penyelenggara yang bertugas dan bertanggungjawab mengawasi perkembangan pesantren.Secara paralel ketika pala kelembagaannya berjalan secara modern, maka pola kepemimpinannya pun berjalan secara modern. Pala kepemimpinan yang bersifat kolektif yang dibangun diatas struktur organisasi yang modern, yang tidak memfigurkan dan memberikan kewenangan hanya kepada satu orang, melainkan diemban oleh beberapa orang secara bersama-sama. Dalam struktur dan gaya kepemimpinan seperti itu, mudir dibantu oleh pembantu pimpinan dan para pembina berusaha bersama-sama untuk mewujudkan proses pendidikan dan pembinaan ke arah calon ulama tarjih Muhammadiyah.Pergeseran kepemimpinan kolektif bergeser meniadi kepemimpinan yang kharismatis ketika sistem yang ada tidak berjalan, dan kelebihan-kelebihan individu seorang pemimpin muncul ke permukaan. Sehingga muncul model kepemimpinan kharismatis yang tersentral kepada seorang mudir dan mengabaikan prosedur serta aturan yang berlaku. Walaupun begitu, model kepemimpinan kharismatis yang ada di Darul Arqam berbeda dengan pesantren yang secara kelembagaan unsurnya masih sederhana. Pada pondok pesantren yang memfigurkan seorang kyai, gaya otoriter/paternalistik dilakukan dengan mudah, karena ia sekaligus penguasa tunggal dan pemilik pesantren yang memimpin, mengontrol maupun mencita-citakan harapannya. Kehendak kyai langsung dilaksanakan tanpa menghiraukan pihak-pihak lain, yang memang tidak ada tokoh yang setaraf. Sedangkan di Darul Arqam tidak sesederhana tersebut, karena ia memiliki lembaga yang mengawasi seluruh kebijakan yang dikeluarkan oleh mudir serta aturan formal yang mengikat kepemimpinan tersebut.