Hubungan antara negara dan agama di dalam kehidupan bangsa Indonesia mempunyai sejarah perjalanan yang panjang. Persoalan ini mulai menjadi penting terutama pada saat bangsa Indonesia mempersiapkan kemerdekaannnya di tahun 1945, sebagaimana terlihat pada perdebatan resmi dalam sidang-sidang BPUPKI dan PPKI. Masalah kenegaraan yang menyangkut kedudukan agama ini berpangkal pada masalah "dasar negara" yang pada saat itu menimbulkan pertentangan pendapat dalam bentuk pertentangan ideologi yang sangat rumit. Dalam sidang-sidang BPUPKI, ketika membahas pokok-pokok masalah politik dan kenegaraan, terjadilah perdebatan serius antara dua kelompok besar yang berbeda pandangan ideologinya. Perdebatan ini berlangsung antara wakil-wakil dari kalangan Islam dan kalangan kebangsaan (nasionalis). Pembahasan masalah-masalah pokok dalam penyusunan konstitusi, seperti bentuk negara dan batas negara, dapat berjalan secara lancar. Ketika menyangkut soal hak-hak asasi, pembahasannya tidak begitu lancar. Lebih--lebih ketika pembahasan menyentuh masalah dasar negara, suasana sidang menjadi semakin panas dan sulit dicapai persetujuan. Kelompok pertama menghendaki dasar negara Islam, sedangkan kelompok kedua menghendaki dasar kebangsaan serta netral agama. Sejarah Indonesia menunjukkan bahwa dalam kerajaan-kerajaan dahulu hubungan antara agama dan negara bukan merupakan masalah. Kesatuan agama dan negara diakui dan diterima sebagai hal yang sudah semestinya. Raja bagi para kawula atau rakyat adalah pemimpin kerajaan sekaligus pemimpin agama. Hal ini telah terjadi baik pada masa kerajaan Hindu, kerajaan Budha, maupun masa kerajaan Islam. Sedangkan hubungan antara negara dan agama nampak menjadi masalah yang menimbulkan pertentangan (konflik) dalam diri bangsa Indonesia tepatnya mulai awal abad ke-20. Usaha-usaha untuk mencapai kemerdekaan Indonesia diwarnai oleh adanya perbedaan-perbedaan pendapat bahkan pertentangan antar partai atau golongan tentang kedudukan agama dalam negara Indonesia yang akan dibentuk setelah merdeka.