Seiring dengan "runtuhnya" rezim Orde Baru, fokus studi hubungan Islam dan negara mengarah pada masalah partisipasi umat Islam dalam agenda konsolidasi demokrasi. Studi ini mengambil fokus pada analisis wacana hubungan Islam dan demokrasi yang dikembangkan oleh kelompok Jaringan Islam Liberal (JIL) dalam kerangka penguatan masyarakat sipil (civil society).
Konsep civil society yang digunakan mengikuti pendekatan Robert W Hefner yang lebih dekat dengan terminologi "masyarakat warga" atau "masyarakat kewargaan" yang memiliki ruang di antara individu (keluarga) dan negara. Untuk kasus Indonesia, Hefner melihat adanya kecenderungan mengarah pada "civic pluralist" atau "civil Islam" sebagai kelompok yang berlawanan dengan Regimist Islam (Islam Politik) yang disebut Gellner sebagai musuh bebuyutan dari pluralisme dan kebebasan sipil.
Kerangka teori yang digunakan mengikuti perspektif kritis Habermas mengenai evolusi sosial. Dalam hubungannya dengan subjek penelitian yang ingin melihat wacana J1L mengarah pada "civic pluralist," menghasilkan kerangka pikir mengenai evolusi sosial melalui tiga tahap sebagai berikut
Pertama, tahap interaksi melalui simbol-simbol, agama dipandang sebagai sistem simbol harus memberikan sebuah kerangka ideal normatif berkenaan dengan kebebasan, martabat individual, hak kolektif untuk menentukan nasib sendiri, dan prosedur yang mengatur koordinasi interaksi di antara berbagai kelompok; Kedua, pada tahap tuturan yang dideferensiasikan dengan pernyataan-pernyataan. Hasil elaborasi simbol keagaman dijadikan sebagai sebuah "patokan" evaluasi untuk memperoleh peran sosial tertentu; Ketiga perbincangan (diskursus) argumentatif. Terdapat hipotesis antara kesadaran moralitas dari agama dengan peran sosial sebagai warga negara. Target yang hendak dicapai adalah sebuah struktur hukum yang dilembagakan dan struktur penjelasan moral yang mengikat.
Penelitian ini menggunakan paradigma interpretif dengan pendekatan hermeneutika. Langkah teknis yang digunakan meliputi dua langkah pokok. Pertama, memahami keseluruhan wacana III., lalu mengklasifikannya dan mengambil fokus pada dua masalah pokok: makna "liberal" dalam Islam Liberal dan memahami argumen penolakan negara syariat sebagai implikasi langsung dari pemahaman keagamaan secara liberal. Kedua, menganalisisnya dengan menggunakan kerangka konsep evolusi perkembangan masyarakat menuju civic pluralist, seperti dikemukakan di atas.
Tema penelitian: (1) JIL adalah kelanjutan dari gerakan neo-modernisme Islam, baik secara isi maupun metodologi; (2) Wacana yang dikembangkan JIL selama 2001-2003, meliputi empat agenda pokok: kebebasan berpendapat; merumuskan sebuah teologi untuk negara modern sekular; emansipasi perempuan; dan mencari sebuah bentuk teologi untuk merumuskan hubungan harmonis antar umat beragama. Terdapat sebuah kerangka logis dan alur argumentasi yang dikembangkan bahwa dengan bersikap liberal dalam pengertian bebas berpendapat akan melahirkan sebuah sikap beragama yang inklusif, toleran, plural dan sekular. (3) Secara umum wacana JIL dalam perspektif teori evolusi Habermas masih berada dalam tahap interaksi melalui simbol, di mana tuturan dari tindakan masih terkait dengan kerangka kerja sebuah bentuk komunikasi tunggal yang bersifat memerintah. Di mana tindakan-tindakan, motif-motif (harapan-harapan tingkah laku), dan subjek-subjek tindakan masih merujuk pada struktur umum tindakan. Hal ini berlaku baik ketika memposisikan liberalitasnya maupun ketika beragumen mengenai penolakan negara syariat.
Dalam perspektif civic pluralist pola keberagarnaan JIL di atas bisa dibaca sebagai langkah "pesiapan" dengan mempersiapkan sejumlah sikap yang liberal, plural, toleran, dan sekular bagi perumusan nilai-nilai atau kultur baru sebagai warga negara dari sebuah masyarakat yang multikultur. Dengan rumusan sikap di atas, maka memungkinkan JIL menjadi semacam kelompok civil religion-dalam pengertian Bellah yang merujuk sejarah kebangsaan Amerika-untuk kasus Indonesia.
Implikasi Teoretik: Meski JIL sudah menggunakan sebuah media (www.islamib.com) yang bisa disebut sebagai public sphere, respon dan kritik yang diterima JIL tidak semuanya berjalan dalam sebuah proses dialog yang terbuka. Bahkan gesekan ini pada akhirnya hanya menghasilkan perbedaan secara diametral antara Islam Liberal dan Islam Fundamental. Atau antara Islam Liberal dengan Postradisionalis (POSTRA) Islam. Dan debat melebar keluar, tidak dalam dimensi wacana tapi melanjut ke arah tudingan politis: siapa dibalik dan kekuatan politik ideologi apa di balik masing-masing kelompok. Hal ini sepertinya tidak diantisipasi oleh Habermas yang berjalan terlalu linear dalam menentukan proses perubahan sosial. Sedangkan pada Hefner hanya disediakan pemetaan mana yang civic/civil dan mana yang uncivic/uncivil.