Tesis ini mencoba mengkaji masalah supremasi sipil yang terjadi di era reformasi politik. Seperti diketahui, politik supremasi sipil tidak saja ditandai oleh wewenang penuh Presiden sebagai Kepala Negara terhadap TNI sebagai cermin berlakunya nilai-nilai demokrasi, tetapi juga dicerminkan oleh dinamika di tingkat parlemen yang dipilih secara langsung oleh rakyat dalam Pemilu. Sebagai hasil Pemilu 1999 dan amandemen konstitusi, komposisi keanggotaan DPR sangat bersifat plural dan menunjukkan perpektif peranan pengawasan yang kuat dari parlemen terhadap eksekutif menyangkut pengangkatan pejabat publik, termasuk dalam hal wewenang pemberian persetujuan bagi pengangkatan Panglima TNT oleh Presiden. Persoalannya adalah bagaimana supremasi sipil tercermin dalam salah satu aspek pelaksanaan fungsi pengawasan DPR dimaksud?Secara teoritis, antara lain terdapat beberapa prasyarat berkaitan dengan kontrol demokrasi sipil atas tentara yaitu mengenai kejelasan pengaturannya dalam perangkat hukum konstitusi dan peraturan perundang-undangan, peranan parlemen menyangkut legislasi dan anggaran militer, posisi menteri pertahanan dalam struktur kenegaraan, dan keterlibatan publik dalam mendiskusikan masalah-masalah keamanan nasional.Hasil penelitian kepustakaan dan lapangan dari tesis ini menunjukkan beberapa hal yang berperan sebagai dukungan dan kendala-kendala dalam menciptakan supremasi sipil di era reformasi. Khusus mengenai dukungan dalam menciptakan supremasi sipil, dilihat dari sudut peranan DPR dalam memberikan persetujuan terhadap pengangkatan Panglima TNI oleh Presiden, yaitu dinilai dari proses politik yang berkembang di Komisi dan Fraksi serta perangkat perundang-undangan yang mendukung. Sedangkan hal-hal yang menjadi kendala dalam menciptakan supremasi sipil, meliputi persoalan kedudukan Dephan terhadap Panglima TNI dalam struktur kenegaraan, persepsi TNI menyangkut ancaman keamanan nasional, alokasi anggaran pertahanan yang masih belum memadai untuk memenuhi kebutuhan minimal TNI, dan potensi instabilitas yang masih mudah terjadi terhadap pemerintah sipil hasil Pemilu 1999.