Program Penyelesaian Kewajiban Pemegang Saham (PKPS) merupakan program BPPN dalam menuntut pertanggungjawaban para pemegang saham lama BDP atas kerugian bank mereka akibat praktek perbankan yang tidak wajar serta pelanggaran BMPK. Program PKPS dilaksanakan dengan tujuan untuk memaksimalkan pengembalian uang negara yang telah disalurkan kepada BDP dengan mengalokasikan kerugian bank kepada pemegang saham. Kewajiban eks-pemegang saham tersebut diharapkan untuk diselesaikan dalam bentuk tunai. Namun, apabila tidak memiliki uang tunai yang cukup, pemegang saham dapat menyerahkan aset-aset likuid dan perusahaan-perusahaan yang berorientasi ekspor, produk konsumen atau aset lainnya dengan penilaian yang disetujui bersama. Untuk menampung dan mengelola aset-aset yang diserahkan dibentuk perusahaan induk (holding company). Salah satu holding yang dibentuk adalah PT Holdiko Perkasa yang menampung aset yang diserahkan oleh Keluarga Salim kepada BPPN guna melunasi kewajiban Keluarga Salim sebesar Rp 52, 63 trilyun.Transaksi yang terjadi dalam pelaksanaan program PKPS merupakan transaksi ekonomi sehingga dalam pelaksanaan program PKPS terdapat aspek perpajakan. Aspek perpajakan yang terjadi dalam pelaksanaan program PKPS adalah sebagai berikut :a. BPPNTidak ada aspek PPh WP Badan yang timbul bagi BPPN dalam pelaksanaan program PKPS karena sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan nomor 86/KMK.01/2000 tanggal 22 Maret 2000 dan kemudian dipertegas dengan Surat Dirjen Pajak nomor S-339/PJ.332/2002, BPPN bukan merupakan Subjek Pajak PPh WP Badan.b. Bank Dalam Penyehatan (BDP)Tidak ada kewajiban perpajakan yang timbul bagi BDP, karena yang terjadi hanyalah perubahan debitur dari semula perusahaan afiliasi, kemudian diganti pemegang saham pengendali dan akhirnya dialihkan ke BPPN.c. Perusahaan AfiliasiTidak ada aspek PPh WP Badan yang timbul bagi perusahaan afiliasi karena pengalihan hutang kepada BDP menjadi hutang kepada Pemegang Saham Pengendali hanya merubah kreditor, tidak merubah nilai nominal hutang. Aspek perpajakan yang timbul hanya menyangkut masalah kewajiban PPh Pasal 23 atas bunga hutang.d. Pemegang Saham PengendaliPemegang saham mengakui adanya keuntungan/kerugian yang timbul dari pengalihan aset ke BPPN. Keuntungan/kerugian pengalihan aset merupakan penghasilan/biaya dari sudut PPh WP Badan.Tidak ada PPN yang terutang pada saat pengalihan aset ke BPPN sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan nomor 180/KMK.04/1999 tanggal 27 Mei 1999.e. PT Holdiko PerkasaTidak ada kewajiban perpajakan yang timbul pada saat PT Holdiko Perkasa menerima aset berupa saham, obligasi dan advances dari Keluarga Salim dan menerbitkan Promissory Notes.Tidak ada kewajiban perpajakan yang timbul pada saat PT Holdiko Perkassa mengganti Promissory Notes dengan Convertible Right Issues (CRI). Atas pembayaran bunga CRI kepada BPPN tidak terutang PPh Pasal 23 karena BPPN bukan Subjek Pajak PPh WP Badan. Secara fiskal, tidak semua biaya bunga CRI dapat dibiayakan karena adanya ketidaksesuaian antara biaya bunga CRI yang timbul dengan penghasilan berupa deviden/capital gain (loss) dari saham yang diterima PT Holdiko Perkasa dan kecilnya pendapatan bunga dari obligasi dan advances yang diterima.Terdapat potensi timbulnya hutang pajak dari adanya hutang CRI yang tidak dapat dilunasi pada saat likuidasi PT Holdiko Perkasa. Hutang pajak tersebut pada akhirnya tidak dapat dibayar karena PT Holdiko Perkasa sudah tidak mempunyai dana lagi. Atas penjualan aset berupa saham dan obligasi kepada investor tidak terutang PPN karena aset yang dijual adalah surat berharga dimana sesuai dengan Pasal 4A UU PPN, surat berharga bukan Barang Kena Pajak.