Kereta api merupakan salah satu bagian dari infrastruktur di Indonesia dan merupakan sistem transportasi yang sudah mengakar sejak lama. Keberadaan jaringan infrastruktur transportasi dalam hal ini kereta api dipandang sebagai pemicu/penggerak perkembangan ekonomi di daerah tersebut. Sebagai alat transportasi kereta api telah banyak membantu kegiatan ekonomi masyarakat yang pada akhirnya meningkatkan pendapatan dan pembangunan (Infrastructure driven economic growth). Di sisi lain pengelolaan dan pengembangan jaringan kereta api memerlukan biaya yang sangat besar sedangkan dana yang tersedia dari pemerintah terbatas dan penyelenggaraan kereta api cenderung dimonopoli sehingga terjadi penurunan aset dan pelayanan. Oleh karena itulah untuk meningkatkan pelayanan dan kinerja perekeretaapian serta memacu pertumbuhan ekonomi (PAD dan APBD) dalam konteks otonomi daerah perlu dilakukan suatu terobosan dengan mengelola kereta api secara terbuka baik dari sistem pengelolaan termasuk kelembagaan maupun sumber pendanannya.Dalam rangka memacu perkembangan perkeretaapian dan pertumbuhan ekonomi daerah, peningkatan profit merupakan bagian dari kinerja dan hasil akhir yang ingin dicapai dari pengelolaan kereta api secara keseluruhan. Untuk mencapai peningkatan tersebut diperlukan pola pendanaan yang diperkuat dengan bentuk kelembagaan yang optimal dimana di dalam pola kelembagaan ini akan dilakukan kerjasama antara pihak-pihak yang terlibat dalam pengelolaan kereta api. Untuk itu maka dilakukanlah penelitian ini dengan tujuan mengidentifikasi pola kelembagaan dan pendanaan yang mampu meningkatkan profit perusahaan pengelola kereta api.Dalam penelitian ini, untuk mendapatkan bentuk pola kelembagaan yang optimal maka digunakan 3 (tiga) macam metode analisis yaitu analisis AHP (untuk melihat peringkat faktor yang berpengaruh pada pola kelembagaan dan pendanaan), analisis deskriptif (untuk mencari tingkat pengaruh variabel penelitian terhadap profit), dan yang terakhir adalah analisis sensitivitas (mensimulasi Net Present Value/NPV dengan simulasi Monte Carlo yang bertujuan mencari NPV yang paling tinggi).Setelah ketiga metode tersebut dilaksanakan, maka diperoleh hasil penelitian bahwa bentuk pola kelembagaan yang paling optimum adalah Joint Venture dengan masa konsesi 54 tahun (dilihat dari NPV dan profit yang paling tinggi) serta pihak yang terlibat adalah Pemerintah Pusat dan Daerah, PT. KA, Developer dan Kalangan Industri.