Asas legalitas merupakan suatu asas yang utama dalam hukum pidana. Asas ini berlaku secara universal karena diakui dan dianut oleh semua sistem hukum di dunia. Salah satu yang terpenting dalam elemen asas legalitas adalah larangan pemberlakuan surut (non retroaktif) suatu peraturan perundang-undangan. Asas ini dianut dan diterapkan telah begitu lama di hampir semua sistem hukum termasuk di Indonesia. Pengakuan atas prinsip ini terdapat dalam Pasal 1 ayat (1) KUHP serta dalam Pasal 28 I UUD 1945 Amandemen Kedua. Sejalan dengan prinsip tersebut, Mahkamah Konstitusi dalam putusan No. 013/PUU-I/2003 menyatakan bahwa Undang-Undang No. 16 Tahun 2003 bertentangan dengan UUD 1945 dan menyatakan undang-undang tersebut bertentangan dengan Konstitusi serta tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat. Akibat hukum atas putusan Mahkamah Konstitusi tersebut terhadap proses pemeriksaan para tersangka, terdakwa dan terpidana Bom Bali adalah semuanya harus dinyatakan batal demi hukum. Atas dasar Putusan Mahkamah Konstitusi No. 013/PUU-I/2003, maka muncul hak-hak bagi para tersangka, terdakwa dan terpidana bom Bali. Pelaku yang masih berstatus tersangka mempunyai hak untuk tidak diproses secara hukum baik materiil maupun formil dengan menggunakan Undang-Undang tentang Pemberantasan Terorisme. Namun dalam pelaksanaannya Putusan Mahkamah Konstitusi ini tidak ditaati dan dilaksanakan oleh lembaga yang terkait dengan sistem peradilan pidana. Faktor yang menyebabakan tidak ditaati dan dilaksanakannya Putusan Mahkamah Konstitusi adalah karena Undang-Undang tentang Mahkamah Konstitusi tidak mengatur mengenai konsekwensi atau akibat hukum yang harus dilaksanakan apabila suatu Undang-Undang dinyatakan bertentangan dengan Konstitusi dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat.