Malaria merupakan masalah utama di Propinsi Papua,Meluasnya penyebaran parasit malaria dan penanganan program malaria yang tidak teratur serta diikuti adanya krisis ekonomi dan perselisihan di masyarakat Papua pada akhir tahun 1990 an telah mengakibatkan situasi malaria di daerah Papua semakin terpuruk.