Dalam Undang-undang Nomor 4 Tahun 1998 ditentukan mengenai pembentukan Pengadilan Niaga tapi kewenangan dari Pengadilan Niaga untuk memeriksa dan memutus sengketa yang perjanjiannya memuat klausula arbitrase belum diatur dengan jelas. Belum adanya pengaturan tersebut menimbulkan putusan hakim yang berbeda-beda salah satu contohnya yaitu kasus PT.BASUKI PRATAMA ENGINEERING dan PT.MITRA SURYA TATA MANDIRI melawan PT.MEGARIMBA KARYATAMA dimana pada tingkat pertama hakim menyatakan tidak berwenang untuk memeriksa dan memutus perkara karena adanya klausula arbitrase sedangkan pada tingkat kasasi dan peninjauan kembali hakim menyatakan berwenang untuk memeriksa dan memutuskan. Jadi bagaimanakah sebenarnya kewenangan dari Pengadilan Niaga dalam memutus sengketa yang memuat klausula arbitrase. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu dengan deskriptif analitis sehingga analisanya dilakukan secara kualitatif berdasar data yang telah ada. Suatu perjanjian yang memuat klausula arbitrase maka sejak saat perjanjian itu dibuat maka para pihak terikat untuk menyelesaikan sengketa yang timbul dari perjanjian tersebut melalui arbitrase dimana keterikatan tersebut bersifat mutlak dan baru akan gugur jika para pihak sepakat dan dituangkan secara tertulis. Kewenangan arbitrase tidak menyingkirkan kewenangan dari Pengadilan Niaga karena karateristik dari hukum kepailitan itu sendiri yaitu penyelesaian sengketa harus dilakukan terbuka untuk umum yang bertujuan untuk melindungi pihak ketiga yaitu masyarakat.