Dengan berlakunya UU No 22 Tahun 1999, tentang Otonomi Daerah yang kemudian dilanjutkan dengan penggantinya UU No. 32 Tahun 2004, tentang Otonomi Daerah. Sebagaimana yang diatur pada pasal 18 ayat (1) dalam UU No. 32 tahun 2004 ini bahwa Daerah yang memiliki wilayah laut diberikan kewenangan untuk mengelola sumber daya di wilayah laut. Kemudian Pemerintah Daerah Kota Cilegon memberlakukan Peraturan Daerah No. 1 Tahun 2001 tentang Pengelolaan Kepelabuhanan, yang disertai beberapa Instruksi dan Keputusan Wali Kota Cilegon untuk mengatur masalah kepelabuhanan yang intinya bahwa di antara isi intruksi dan keputusan tersebut adalah perintah menghentikan semua bentuk perjanjian sewa peralran, jasa pelayanan kepelabuhanan dengan PT Pelindo II (Persero) Cabang Banten, dan penyerahan wewenang pemanduan dan penundaan kapal kepada Perusahaan Daerah Pelabuhan Cilegon Mandiri selaku BUMD kepelabuhanan. Sehingga terjadilah sengketa kewenangan pengelolaan kepelabuhanan antara PT Pelindo II (Persero) Cabang Banten dengan Pemerintah Daerah Kota Cilegon. PT. Pelindo 11 (Persero) melalui Pemerintah Pusat Cq Menteri Dalam Negeri dengan SK No. 112 tahun 2001, mencabut dan membatalkan Peraturan Daerah No. 1 Tahun 2001 tentang Pengelolaan Kepelabuhanan. Selanjutnya Pemerintah Daerah Kota Cilegon mengajukan Permohonan Uji Materiil kepada Mahkamah Agung Republik Indonesia untuk meninjau kembali Peraturan Pemerintah No. 69 Tahun 2001 tentang Kepelabuhanan, yang kemudian oleh Mahkamah Agung Republik Indonesia dikabulkannya permohonan Uji Materiil tersebut dan melalui Keputusannya No. 21.P/HUK/2003, tanggal 28 Juli 2005, pada item b. "Menyatakan Keputusan Menteri Dalam Negeri No 112 tahun 2003 tentang Pembatalan Peraturan Daerah No 1 tahun 2001, tentang Kepelabuhan di Kota Cilegon tidak sah dan tidak berlaku untuk umum?. Namun PT Pelindo II (Persero) Cabang Banten melalui Kejaksaan Tinggi Negeri Banten melalui suratnya No. B-656/0.61Gpt.1/04/2006 tentang Putusan Mahkamah Agung RI No.21.P/HUM/2003 tanggal 4 April 2006 memberikan penjelasan dan penegasan kepada seluruh Pengguna Jasa Dermaga Untuk Kepentingan Sendiri (DUKS) agar tetap melakukan kewajibannya sesuai dengan Kesepakatan Karawaci dan Surat Perjanjian antara PT Pelindo 11 (Persero) Cabang Banten dengan Pemerintah Daerah Kota Cilegon, Kabupaten Serang dan Pengusaha Pengguna Jasa DUKS. Dengan demikian menyikapi hal tersebut di atas seharusnya Pemerintah Pusat bertindak sebagai regulator untuk mengatur dan menentukan pengelolaan Pemerintahan yang baik (good governance) dan juga sebagai koordinator untuk penyelesaian sengketa kewenangan pengelolaan kepelabuhanan di Kota Cilegon.