Telah dilakukan anal is is sampel plankton yang dicuplik dari 14 stasiun di perairan Marunda, Jakarta Utara pada bulan Agustus dan Oktober 1999. Untuk mengetahui hubungan antara parameter kimia-fisika perairan dengan kepadatan plankton dan parameter kimia-fisika perairan apa saja yang mempengaruhi kepadatan plankton dilakukan analisis regresi berganda. Kepadatan rerata fitoplankton bulan Oktober 1999 mengalami penurunan 10,17% dan zooplankton herbivora mengalami kenaikan 5% jika dibandingkan dengan bulan Agustus 1999. Penurunan kepadatan fitoplankton diduga akibat curah hujan yang tinggi pada buian Oktober 1999 di perairan Marunda. Kisaran kepadatan plankton bulan Agustus-Oktober 1999 relatif stabil, kecuali kepadatan zooplankton herbivora pada bulan Oktober 1999. Kepadatan fitoplankton dan zooplankton herbivora di perairan Marunda pada bulan Agustus-Oktober 1999 dipengaruhi oleh CO3 dan temperatur air masing-masing sebesar 50,1% dan 55,7%. Hubungan antara parameter perairan dengan kepadatan fitoplankton dan zooplankton herbivora masing-masing adaiah: Fito. = 13,914 + 0.013 CO2 - 0.324 Temperatur dan Zoo. = 8,535 + 0.011 CO2 - 0.162 Temperatur.