Bagi Pemerintah Australia yang selama ini sangat bersahabat dengan Indonesia dan mendukung posisi Indonesia, kemenangan pro kemerdekaan dalam jajak pendapat 30 Agustus 1999 dengan perolehan 78,5 persen dan 21,5 persen untuk pro integrasi, merupakan awal dari era baru hubungan Australia, Indonesia dan Timor Timur Merdeka.Pada 27 Januari 1999, kembali dunia dikejutkan oleh pernyataan Presiden Habibie menawarkan kepada rakyat Timor Timur untuk memilih status otonomi luas atau menolak yang berkonsekuensi berpisah dengan negara kesatuan Republik Indonesia. Yang menarik, menurut Menteri Luar Negeri Ali Alatas, keputusan tersebut diambil berawal dari disposisi Presiden Habibie, menyusul surat dari Perdana Menteri Australia John Howard. Dalam suratnya PM Australia itu mengusulkan agar pemerintah Indonesia memberikan kepada rakyat Timor Timur untuk menentukan nasib sendiri. Antara "perubahan bersejarah" Pemerintah Australia terhadap masalah Timor Timur, dengan "perubahan bersejarah" Pemerintah Indonesia menyelesaikan * masalah Timor Timur sangat berdekatan waktunya. Kepentingan Australia dalam penyelesaian masalah Timor Timur merupakan bentuk implementasi dari kepentingan nasional. Menggunakan teori Howard Lentner mengenai politik luar negeri dan teori kepentingan nasional thesis ini akan berusaha untuk dapat memberikan jawaban hal-hal yang mendcrong pemerintahan Australia dan keterkaitan faktor-faktor lainnya (eksternat dan internal) dalam proses jajak pendapat di Timor Timur serta mengetahui kepentingan Pemerintah Australia dalam proses jajak pendapat di Timor Timur. Metode penelitian yang digunakan adalah desknptif analisis melalui studi kepustakaan (library research) dengan mengandalkan data dan informasi yang dianggap relevan.Hasilnya adalah keterlibatan Australia dalam penyelesaian masalah Timor Timur dilandasi oleh kepentingan nasionalnya, sehingga terjadi perubahan kebijakan politik luar negerinya. Hal tersebut sebagai upaya Australia dalam beradaptasi terhadap perubahan di tingkat domestik dan intemasional yang kemudian disesuaikan dengan batas-batas yang masih dapat diterima oleh bangsa itu sendiri demi kelangsungan hidup bangsa.