Dinamika morfologi di Laguna Segara Anakan telah berlangsung sejak lama yang meliputi perubahan diseluruh unit morfologi yang ada. Pada tahun 1900 luas perairan laguna meliputi 6.898 hektar dan terus berkurang hingga tinggal 1800 hektar pada tahun 1998. Sehubungan dengan terjadinya perubahan luasan dan kedalaman laguna yang dikarenakan oleh tingginya angka suplai sedimen yang masuk dan mengenda di laguna selain mengakibatkan majunya garis pantai juga membentuk unit morfologi bars yang baru yang dikokohkan keberadaannya dengan tumbuhnya mangrove pioneer. Dalam analisis digunakan aplikasi Sistem Informasi Geografis (SIG) dan foto udara. Hasil menunjukkan bahwa unit morfologi tidak flat merupakan unit morfologi yang paling signifikan perubahan pola, luasan dan arahnya.