Tujuan dari penelitian adalah mencoba mengidentifikasi kerusakan hutan mangrove di Segera Anakan Cilacap dan hubungannya dengan sebaran konsentrasi Klorofil A. Citra dijital langsat TM 5 bulan September 1994 dan Desember 2000 peta dijital topografi digunakan dan survey lapangan dilakukan dalam penelitian ini. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa luas hutan mangrove telah berubah dari 12056 ha menjadi 9671 ha atau menyusut 20 persen dalam kurun waktu 6 tahun. Sementara atas dasar kerapatannya sekitar 12 persen hutan mangrove telah rusak. Secara spasial tidak ada korelasi antara distribusi konsentrasi Klorofil A dengan kerapatan vegetasi mangrove. Pola arus pasang dan arus sungai diduga berpengaruh terhadap pola distribusi Klorofil A yang terbentuk.