Berdasarkan Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Papua, kepada Provinsi dan Kabupaten/Kota di Provinsi Papua diberikan Otonomi Khusus, yakni bentuk otonomi yang hanya diberikan kepada Provinsi Papua dan Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam.Dalam bidang keuangan, kekhususan ini diwujudkan dengan pemberian Dana Otonomi Khusus yang berupa Dana Penerimaan Khusus dan Dana Bagi Hasil Minyak Bumi dan Gas Alam yang prosentasenya lebih besar dibandingkan Daerah lain di Indonesia, disamping juga Dana Perimbangan lainnya.Dengan Dana Otonomi Khusus yang besar jumlahnya, sementara kualitas sumber daya manusia yang mengelola Dana Otonomi Khusus tersebut relatif rendah, diragukan efektivitasnya untuk mencapai tujuan pemberian Otonomi Khusus, yakni meningkatkan pendidikan dan kesehatan (gizi) masyarakat asli Papua.Sifat penelitian yang dilakukan dalam pembuatan tesis ini adalah deskriptif analitis dengan menerapkan metode studi kepustakaan dan wawancara tidak berstruktur dengan pejabat di lingkungan Direktorat Fasilitasi Dana Perimbangan Direktorat Jenderal Bina Administrasi Keuangan Daerah Departemen Dalam Negeri.Dari hasil penelitian diketahui bahwa alasan utama diberikannya Otonomi Khusus pemberian Dana Otonomi Khusus kepada Provinsi Papua faktor politis, yakni untuk mereduksi keinginan sebagian masyarakat Papua untuk melepaskan diri dari Negara Kesatuan Republik Indonesia. Dalam 3 tahun pemberlakuannya, Dana Otonomi Khusus juga ternyata tidak efektif karena bagian terbesar Dana Otonomi Khusus tidak digunakan untuk pendidikan dan kesehatan (perbaikan gizi masyarakat) namun dibagikan secara hampir merata ke semua sektor pemerintahan yang menjadi kewenangan Provinsi Papua.Pemberian Dana Otonomi Khusus Papua ini ternyata bertentangan dengan dasar pemberian Dana Perimbangan. Dana Otonomi Khusus ternyata tidak memberikan keseimbangan fiskal, baik vertikal maupun horizontal, bahkan sebaliknya menambah kesenjangan fiskal, mengingat sebagian besar kapasitas fiskal Kabupaten/Kota di Provinsi Papua termasuk kategori sedang dan tinggi (hanya 2 yang berkapasitas fiskal rendah). Selain itu, ternyata terdapat peraturan pelaksanaan pengelolaan Dana Otonomi Khusus yang saling berbeda sehingga dapat menimbulkan perbedaan persepsi.Dari hasil penelitian dapat disarankan bahwa dana otonomi khusus dapat diberikan dalam kerangka dana perimbangan, yakni Dana Alokasi Khusus (DAK). Selain dimungkinkan sesuai undang-undang, hal tersebut dapat lebih menjamin efektivitas penggunaan Dana Otonomi Khusus. Selain itu juga perlu diperjelas aturan mengenai pengelolaan Dana Otonomi Khusus sehingga dapat dijadikan pedoman dalam pelaksanaannya.