Terjadinya perbedaan dari distribusi pendapatan antar daerah dan distribusi pengeluaran pemerintah pusat dan daerah merupakan satu permasalahan dalam pelaksanaan pembangunan di berbagai daerah di Indonesia. Perbedaan tersebut terjadi selama bertahun-tahun lamanya sehingga menyebabkan terjadinya ketimpangan antar daerah satu dengan yang lain. Dilakukannya satu kebijakan pemerintah yaitu otonomi daerah masih belum mampu memperkecil adanya ketimpangan tersebut, dimana terlihat adanya perbedaan tingkat pembangunan antara lain perbedaan tingkat pendapatan per kapita dan infrastruktur di daerah yang disebabkan karena minimnya pengeluaran pembangunan di daerah.Mengacu pada perumusan masalah, penelitian ini bertujuan untuk menganalisa faktor-faktor yang mempengaruhi ketimpangan ekonomi daerah melalui Indeks Williamson, faktor-faktor yang dianalisa tersebut adalah PDRB, Pendapatan Per Kapita dan Pengeluaran daerah untuk Pembangunan selama masa sebelum dan sesudah krisis.Metode analisa yang digunakan adalah regresi linier berganda dengan menggunakan data 30 propinsi di Indonesia tahun 1989-2003, dengan variabel terikat adalah ketimpangan daerah (yang diukur dengan Indeks Williamson) dan variabel bebas berupa pendapatan per kapita, pengeluaran daerah dan Dummy Krisis untuk pembangunan. Pendugaan dilakukan dengan metode ordinary Least Square (OLS).Dari hasil analisa ditemukan bahwa terjadinya ketimpangan ekonomi antar daerah disebabkan oleh tingginya pendapatan perkapita DKI Jakarta yang menyebabkan ketimpangan di Pulau Jawa dan tingginya pendapatan perkapita di Kalimantan Timur yang menyebabkan ketimpangan di luar Pulau Jawa.Interprestasi analisa model regresi menunjukan bahwa ketimpangan daerah dengan melihat faktor migas dipengaruhi oleh pengeluaran pemerintah daerah pada saat 2 tahun sebelumnya dan terjadinya krisis ekonomi. Sedangkan ketimpangan daerah tanpa melihat faktor migas dipengaruhi oleh pendapatan perkapita daerah dan pengeluaran pemerintah.Kebijakan terhadap peningkatan alokasi pengeluaran pemerintah daerah khusus untuk daerah-daerah miskin atau daerah yang tidak kaya dengan migas akan memperkecil ketimpangan antar daerah sebab hasil penelitian melihat bahwa pengeluaran pemerintah lebih banyak dialokasikan kepada daerah kaya (DKI Jakarta) dan daerah kaya migas (Kalimantan Timur dan Riau).