Memang ada yang khas pada pemberontakan yang berlangsung antara tahun 1958-1961 di Pulau Sumatera dan Sulawesi tersebut. Latar belakang, aksi serta proses penyelesaian pemberontakan yang terjadi pada saat Indonesia mempergunakan Undang-undang Dasar Sementara tahun 1950 tersebut, jauh lebih kompleks dari pemberontakan-pemberontakan lainnya. Jika pemberontakan-pemberontakan lainnya hampir sepenuhnya berkenaan dengan masalah-masalah dalam negeri yang sebagian besar lokal PRRI-Permesta selain berkenaan dengan masalah politik nasional dan menyangkut mantan tokoh-tokoh penting angkatan darat dan politisi di tingkat nasional, juga menyangkut para komandan militer daerah. Selain itu pemberontakan ini mempunyai dimensi internasional dalam perang dingin, dengan keterlibatan operasi intelejin pemerintah Amerika Serikat dalam skala besar melalui Central Intelligence Agency (CIA). Dalam operasi CIA ini juga terlibat pemerintah beberapa negara tetangga saat itu.