Terpuruknya sektor perbankan akibat dari krisis moneter membuat pemerintah melakukan deregulasi finansial disektor perbankan dengan merevisi Undang-Undang No. 7 tahun 1992 dengan Undang-Undang No. 10 tahun 1998 dengan harapan agar tingkat kesehatan bank semakin baik, sehingga dapat mendorong pertumbuhan ekonomi. Dalam penelitian ini akan menganalisa perbandingan kinerja keuangan antara bank syariah dan bank umum konvensionai sebelum dan sesudah deregulasi finansial dan krisis moneter serta mengambil studi kasus Bank Muamalat Indonesia dan 4 Bank Umum Konvensional yakni Bank BTPN, Bank SMUT, Bank Mestika dan American Express Bank.Hasil analisa berdasarkan pendekatan rasio keuangan bank CAREL (Capital, Asset, Rentabilitas, Earning, Likuiditas) yang diwakili oleh indikator rasio keuangan yakni CAR, NPL, ROA, ROE, BOPO dan LDR. Dengan metode statistika independent t-test menyatakan bahwa ada perbedaan yang signifikan kinerja keuangan antara Bank syariah dan bank konvensional kecualt rasio keuangan ROE yang tidak memiliki perbedaan yang signifikan.Hasil analisa berdasarkan metode statistika Paired samples test menyatakan bahwa Hasil uji statistik dengan metode compare means menunjukan bahwa Kinerja keseluruhan yang dinyatakan dengan variabel TOTAL KINERJA yang merupakan penjumlahan seluruh rasio keuangan setelah diberi bobot nilai tertentu. Hanya Ada satu bank yang memiliki dampak yang signifikan setelah deregulasi finansial dan krisis moneter yaitu Bank Sumut sedangkan empat bank yang lain tidak memiliki dampak yang signifikan setelah deregulasi finansial dan krisis moneter, yaitu Bank BTPN, AEB, Bank Mestika dan BMI.Bank syariah yang diwakili oleh Bank Muamalat Indonesia memiliki rasio keuangan NPL dan LDR terbaik sesuai ketentuan Bank Indonesia bila dibandingkan dengan 4 Bank umum Konvensional, semakin baiknya tingkat asset dan likuiditas bank syariah diharapkan masyarakat akan lebih percaya terhadap eksistensl perbankan syariah, dan diharapkan pemerintah memiliki itikad baik untuk dapat terus membantu pengembangan Perbankan Syariah di masa yang akan datang dengan dibuatnya UU khusus untuk perbankan syariah.