Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 152 tahun 2000 Universitas Indonesia ditetapkan statusnya sebagai Badan Hukum Milik Negara. Badan Hukum Milik Negara pada Perguruan Tinggi Negeri adalah suatu bentuk baru. Mengapa dikatakan baru? Dikarenakan bentuk dari badan hukum ini berbeda dengan badan hukum yang sudah ada misalnya dengan persero, perjan, perum, yayasan, dan badan hukum lainnya. Perubahan status menjadi Badan Hukum Milik Negara adalah agar Universitas Indonesia dapat dikelola secara lebih bark dan lebih profesional, dengan profesional manajemen yang sangat diperlukan untuk menjawab tantangan yang ada pada pada badan hukum hal ini ditunjukan dengan akuntabilitas yang tinggi dari pengelolaannya. Perubahan status ini bukannya tanpa kendala, dimana permasalahan pendanaan menjadi hal yang menjadi perhatian disebabkan dengan otonomi yang diperoleh, keinginan Universitas Indonesia sebagai Badan Hukum Milik Negara dalam pendanaan dari pemerintah diharapkan berifat block grand, tidak seperti yang berlangsung selama ini melalui pengajuan anggaran dan anggaran tersebut diperoleh melalui anggaran rutin dan anggran pembangunan yang bersumber dari APBN, dalam pendanaan melalui block grand Universitas Indonesia dapat mengelola dana tersebut secara langsung dan sesuai dengan kebutuhan sehingga tercapai efisiensi dalam pengelolaan Universitas, dari efisiensi pengelolaannya ini diharapkan nilai ekonomis yang terkandung dalam Universitas Indonesia dapat diperoleh melalui pemanfaatan hasi-hasil dari Universitas Indonesia serta comercial fenture yang ada.. Dalam pengelolaan dengan bentuk Badan Hukum terdapat juga hambatan terutama berasal dari perturan perundang-undangan yang lain terutama dibidang keuangan negara dimana bentuk Badan Hukum Milik Negara ini tidak turut diatur didalamnya, juga dalam Undang-Undang tentang Perbendaharaan Negara dimana pengaturan aset negara juga tidak dicantumkan secara nyata tentang kekayaan Badan Hukum Milik Negara, hal inilah yang menjadi kendala. Kendala ini dapat diatasi secara perlahan dengan pola pengelolaan yang profesional dan efisien sepanjang tidak bertentangan dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Pengelolaan yang otonom dan efisien serta akuntabilitas yang tinggi dari pengelolaan Badan Hukum Milik Negara ini merupakan keinginan dari Universitas Indonesia agar dapat melakukan persaingan di era globalisasi sekarang ini dengan bentuk akuntabilitas berupa keluaran lulusan yang bermutu dan hasil-hasil dari pemanfaat ilmu pengetahuan , inilah yang menjadi keuntungan dari Bentuk Badan Hukum Milik Negara sehingga visi dan misi dari Universitas Indonesia dapat dilaksanakan.