Infeksi menular seksual hingga saat ini masih merupakan masalah kesehatan di seluruh dunia, balk di negara maju maupun di negara berkembang. Gonore merupakan salah satu IMS yang paling sering ditemukan dan merupakan salah satu kofaktor untuk transmisi HIV. Penularan penyakit ini terutama melalui kontak seksual. Umumnya infeksi bersifat lokal di tempat inokulasi. Waria merupakan kelompok risiko tinggi untuk terkena gonore faring dan rektum karena orientasi seksualnya secara orogenital reseptif dan anogenital reseptif. Infeksi di kedua daerah ini sebagian besar bersifat asimtomatis, maka sering tidak disadari sehingga dapat menjadi somber penularan.Penelitian ini merupakan survei potong lintang analitik, yang bertujuan untuk mengetahui proporsi gonore faring dan gonore rektum pada populasi waria, serta hubungan antara perilaku seksual dengan kedua infeksi di atas. Diagnosis gonore faring dan rektum ditegakkan berdasarkan pemeriksaan PCR.Penelitian dimulai pada bulan Juni sampai dengan Juli 2006. Pemeriksaan dilakukan terhadap 43 SP, yaitu waria yang berkunjung ke klinik PKBI Jakarta Timur yang memenuhi kriteria penerimaan dan penolakan. Pemeriksaan meliputi anamnesis, pemeriksaan fisis, pengambilan spesimen dari daerah faring dan rektum untuk pemeriksaan gonore dengan PCR. Setelah itu dilakukan pencatatan, perhitungan, dan analisis statistik.