Indonesia dikenal sebagai salah satu negara yang memiliki keanekaragaman hayati tertinggi di dunia. Perlindungan sumber daya alam hayati pada hakikataya timbul akibat kerusakan-kerusakan yang terjadi pada sumber daya alam hayati itu sendiri. Untuk menghindari akibat-akibat yang merugikan, perlu dilakukan upaya-upaya perlindungan dan pengelolaan terhadap sumber daya alam hayati secara seksama Untuk itu ada beberapa konvensi nasional yang mengatur tentang perlindungan lingkungan, baik WHC, WCS, WCN, OCF, UNCLOS adalah sebagai landasan hukum internasional yang terhadap pelaksanaanya didelegasikan kepada negara-negara. Sejalan dengan itu Pemerintah Indonesia telah mengeluarkan Undang-Undang No. 5 Tahun 1990 tentang Konservasi Sumber Daya Alam Hayati dan Ekosistemnya dalam hal ini berfungsi sebagai landasan hukum terhadap perlindungan dan pengelolaan sumber daya alam hayati, kemudian juga didukung oleh UU No. 5 Tahun 1994 tentang Konvesi Keanekaragaman Hayati Tahun 1992 (pengesahan United Nations Convention on Biological Diversity), lalu diundangkannya UU No. 23 Tahun 1997 tentang Pengelolaan Lingkungan Hidup, dikeluarkannya UU NO. 31 Tahun 2004 tentang Perikanan dan berlakunya Undang-undang No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah. Keseluruh Undang-undang tersebut bersifat horizontal dan yang menjadi legitimasi oleh Pemerintah kota Batam untuk melakukan perlindungan dan pengelolaan terumbu karang di Batam adalah UU No. 32 Tahun 2004 yang mengatur mengenai pembagian kewenangan Pemerintah dan Pemerintah Daerah. Dalam UU No. 32 Tahun 2004 ditegaskan bahwa Pemerintah Daerah dalam penyelenggaraan urusan pemerintah memiliki hubungan dengan Pemerintah dan Pemerintah Daerah lainnya. Hubungan tersebut meliputi hubungan wewenang, keuangan, pelayanan umum, pemanfaatan sumber daya alam dan sumber daya lainnya menimbulkan hubungan administrasi kewilayahan antar susunan pemerintah. Pembagian kewenangan antara Pemerintah dan Pemerintah Daerah secara eksplisit disebutkan dalam Pasal 2 ayat (3), (4), (5), (6), (7), Pasal 10 ayat (1) dan (2), Pasal 13 ayat (1), Pasal 14 ayat (1), Pasal 17 ayat (1), (2) dan Pasal 18 ayat (1), (2), (3) UU No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah. Dengan dernikian Pemerintah Kota Batam juga berwenang untuk melakukan perlindungan terhadap sumber daya alam khususnya terumbu karang yang berada dalam ruang lingkup wilayah kewenangannya. Bentuk yang mungkin dapat digunakan sebagai landasan hukum pengelolaan dan perlindungan terumbu karang di Batam yakni antara lain : pengaturan administratif; penegakan hukum terhadap peraturan yang dikeluarkan oleh daerah atau yang dilimpahkan kewenangannya oleh Pemerintah; yang mungkin dapat dituangkan dalam bentuk Peraturan Daerah sehingga dapat lebih mengatur, mengawasi, sekaligus melakukan penegakan hukum sehingga diharapkan dapat melestarikan keanekaragaman sumber daya alam hayati khususnya terumbu karang di wilayah Batam yang secara ekonomis menjadi tumpuan hidup masyarakat nelayan di Batam.