Rumah Sakit Pendidikan pada sistem kesehatan nasional mempunyai kedudukan yang sangat penting, yaitu selain sebagai pusat rujukan regional dan nasional, juga merupakan tempat dihasilkannya sumber daya manusia di bidang kesehatan, khususnya menjadi sarana pendidikan untuk melaksanakan dan membina sikap keterampilan profesional kedokteran. Dengan posisi yang penting serta misi strategis yang diembannya rumah sakit pendidikan senantiasa perlu diupayakan pengembangannya sehingga dapat berfungsi lebih baik lagi.Berdasarkan hasil pertemuan CHS, Sirektur RS Pendidikan, Dekan Fakultas Kedokteran seluruh Indonesia serta Depkes pada tahun 1996, disusunlan Standar RS Pendidikan Tingkat Pengembangan Awal, untuk memberikan kejelasan arti dan strategi bagi sebuah rumah sakit pendidikan dalam rangka menunjang dan meningkat fungsi Rumah Sakit Pendidikan. Tetapi Standar tersebut hanya mempersiapkan instrumen apa Saja yang dibutuhkan oleh suatu Rumah Sakit apabila mengembangkan dirinya menjadi RS Pendidikan Tingkat Awal saja, belum untuk tingkatan yang selanjutnya. Standar tersebut juga belum memperlihatkan bagaimana aspek organisasi dan manajemen dari suatu organisasi RS Pendidikan yang dilihat dengan cara pendekatan sistem.Standar RS Pendidikan yang dilihat berdasarkan konsep pendekatan sistem yaitu dari input, proses dan outputnya menjadi sangat penting untuk menjawab dan mengantisipasi masalahah-masalah yang timbul akibat adanya perubahan yang terjadi seiring dengan berjalannya waktu. Penelitian ini bermaksud untuk menganalisis input dari sistem manajemen pelayanan dan pendidilian dokter di RSUPN Cipto Mangunkusomo dan FKUI sebagai institusipelayanan dan pendidnkan dokter.Desain penelitian ini adalah penelitian kualitatif. Peneliti membatasi diri hanya untuk mendapatkan gambaran input dari sistem manajemen pelayanan / pendidikan dokter Rumah Sakit RSUPN/FKUI dengan analisis thematic approach untuk melihat kecukupan dan kesesuaian faktor input tersebut. Pengumpulan data dilakukan oleh peneliti dengan cara pengumpulan data sekunder dan wawancara mendalam sebanyak 8 informa.Hasil penelitian mem[erlihatkan bahwa input RSUPN yang sudah cukup dan sesuai dengan berdasarkan Standar RS Pendidikan yang ada, dengan tujuan dan renstra rumah sakit serta dari kepustakaan yang ada adalah dokter, sarana dan prasaranan serta kerjasama antara RSUPN dan FKUI tetapi dari segi keuangannya kerjasama ini sudah tidak sesuai lagi bagi RSUPN, sementara input RSUPN yang masih belum cukup dan sesuai adalah peraturan, keuangan dan pasien. Sedangkan input dari FKUI yang sudah cukup dan sesuai adalah dari peraturanm star pengajar, sarana dan prasarana, mahasiswa serta kurikulum. Keuangan untuk proses pelaksanaan program PPDU masih belum cukup sehingga masih harus disubsidi dana yang bersumber dari PPDS dan program D3 FKUI.Kesimpulan hasil penelitian memperlihatkan bahwa ada sebagian input yang dimiliki RSUPN dan FKUI ternyata sulit dipisahkan. Input tersebut adalah dokter dan staf pengajarnya, serta sarana dan prasarana RSUPN dan FKUI. Melihat hubungan antara RSUPN dan FKUI yang sudah berlangsung cukup lama sekali (77 tahun) apabila kedua institusi tersebut akan pisahkan seharusnya dengan berdasarkan status badan hukumnya masing-masing, akan menjadi sangal sulit.Saran dari hasil penelitian ini adalah perlunya peninjauan ulang kerjasama RSUPN dan FKUI yang lebih bcrdasarkan pada fakta, memperkuat hubungan antara RSUPN dan FKUI dengan mengoptimalkan inputnya masing-masing dan perlunya penyempurnaan Standar RS Pendidikan yang Iebih baik lagi. Sehingga penelitian ini perlu dilanjutkan oleh peneliti lain dengan melihat proses dan output dari sistem rumah sakit pendidikhn yang ada, sehingga diharapkan mendapat masukan yang lebih lengkap lagi dan berguna bagi penyusunan konsep Sistem Rumah Sakit Pendidikan.