Sistem self assessment memberikan kepercayaan kepada Wajib Pajak untuk menghitung, memperhitungkan, menyetor, dan melaporkan sendiri jumlah pajak terutang sesuai dengan ketentuan perpajakan yang berlaku. Namun kepercayaan tersebut sering disalahgunakan Wajib Pajak dengan melaporkan pajak terutang tidak sesuai dengan keadaan sebenarnya melalui praktek rekayasa perencanaan pajak. Oleh karena itu, pemeriksaan pajak diperlukan untuk menguji tingkat kepatuhan Wajib Pajak dengan menerapkan suatu teknik pemeriksaan pajak terhadap sistem pembukuan yang dilaksanakan. Atas dasar itu, maka tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi teknik pemeriksaan pajak yang efektif menghadapi praktek rekayasa perencanaan pajak.Penelitian dilakukan terhadap teknik pemeriksaan pajak yang diterapkan untuk menguji pos peredaran usaha melalui 5 ( lima) pendekatan, yaitu buku besar dan bukti pendukung, arus uang melalui kas, bank, dan giro, arus piutang dan uang muka penjualan, arus barang dan proses produksi, serta rekonsiliasi ( equalisasi ) PPh dengan PPN. Data yang diteliti adalah data kuantitatif yang diperoleh dari sumber primair, berupa Laporan Pemeriksaan Pajak ( LPP ) yang diproduksi Karikpa Jember tahun 1999/2000 dan 2000/2001. Karena populasi Wajib Pajak yang diselidiki cukup banyak dan luas, untuk penelitian ini digunakan metode survey multi stage cluster sampling sebanyak 30 (tiga puluh ) LPP Wajib Pajak Badan dari 180 LPP atau 16,67%. Wajib Pajak Badan yang diteliti terdiri masing-masing 6 (enam ) dari 5 ( lima ) jenis kegiatan usaha, yaitu perdagangan besar tembakau, industri pengolahan dan pembekuan udang, industri pengolahan dan pengalengan ikan, perkebunan kopi dan cengkeh, serta budi daya tambak udang.Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik pemeriksaan pajak melalui pendekatan buku besar dan bukti pendukung, arus uang melalui kas, bank, dan giro, serta arus piutang dan uang muka penjualan efektif diterapkan pada sektor perdagangan besar tembakau. Pendekatan arus barang dan proses produksi efektif diterapkan pada sektor industri pengolahan dan pembekuan udang. Sedangkan pendekatan equalisasi PPh dengan PPN efektif diterapkan pada sektor industri pengolahan dan pengalengan ikan. Di samping itu, penerapan teknik pemeriksaan pajak tersebut menghasilkan koreksi fiskal yang mempunyai pengaruh cukup signifikan terhadap peningkatan penerimaan pajak.