Yang Telah Lama Pergi’ dikemas dengan alur campuran. Kebanyakan memang didominasi alur maju, bercerita tentang perjalanan Mas’ud menjelajahi samudra dan bertemu banyak orang. Beberapa alur mundur muncul ketika para tokoh teringat cerita masa lalu, atau ketika tokoh lain menceritakan masa lalunya kepada Mas’ud. Bagian ini biasanya paling dinantikan karena menyimpan jawaban dari beberapa pertanyaan terkait tingkah laku seorang tokoh saat itu. Bukan Tere Liye jika tidak menyelipkan plottwist di akhir cerita. Walaupun menurut opini pribadi, plottwist kali ini agak kurang ‘nendang’. Tapi lumayan ‘mengejutkan’.